Τα ιερά λείψανα της Αγίας Ελένης θα παραμείνουν για λίγες μέρες ακόμη στην Ελλάδα και στη συνέχεια θα επιστρέψουν στην Βενετία, όπου φυλάσσονται.
Η παρουσία του σκηνώματος της Αγίας Ελένης, το έτος 1204 μ.Χ., στο ναό των Αγίων Αποστόλων Κωνσταντινουπόλεως μαρτυρείται από τον Robert de Cleri και είναι διαφορετική από τη μαρτυρία του Ανδρέα Dandolo, ο οποίος αναφέρεται σε ένα μοναστηριακό προσκυνηματικό ναό της Κωνσταντινουπόλεως, αφιερωμένο στην Αγία, από τον οποίο εκλάπη το ιερό λείψανο. Παρ’ όλα αυτά η ουσία παραμένει η ίδια· η μαρτυρία ότι το ιερό λείψανο φυλάσσεται στην Κωνσταντινούπολη.
Από εκεί, το όγδοο έτος εξουσίας του δόγη Pietro Ziani (1211-1212), κατά τα γεγονότα που επακολούθησαν μετά την Δ´ Σταυροφορία και τη Λατινική αυτοκρατορία, οι Βενετοί πρέπει να το αφαίρεσαν δια χειρός κάποιου Αlcardo, για να το μεταφέρουν στο ομώνυμο Βενετσιάνικο μοναστήρι, το οποίο φαίνεται να είναι του Αlcardo. Ήδη, κατά τον 15ο αιώνα, ο Ρώσος προσκυνητής Ζωσιμάς μας πληροφορεί για τον τάφο της Αγίας Ελένης, χωρίς όμως να μιλάει για το λείψανο της Αγίας στους Αγίους Αποστόλους.
Επειδή, σύμφωνα με την αφήγηση του Corner, η μεταφορά του λειψάνου στη Βενετία μαζί μ’ ένα τμήμα του Τιμίου Σταυρού που ευρέθη από την Αγία θα αποδοθεί σ’ ένα άλλο πρόσωπο, αυτή τη φορά ένα μέλος της οικογένειας Μoro, μπορούμε να θεωρήσουμε ότι και το λείψανο αυτό, όπως και άλλα κατά τη διάρκεια της Λατινοκρατίας στην Ανατολή, πρέπει να παρέμεινε για ορισμένο χρονικό διάστημα σε κάποια Βενετσιάνικη εκκλησία της Κωνσταντινουπόλεως. Το υπόλοιπο της αφηγήσεως του Βενετού πατρικίου ακολουθεί τα πιο στερεότυπα πρότυπα των διηγήσεων μετακομιδής (Translationes): το πλοίο που μεταφέρει στη λιμνοθάλασσα το ιερό φορτίο δεν φθάνει στη δουκική βασιλική του Αγίου Μάρκου, όπου σ’ ένα νέο Αποστολείο ο Moro θα ήθελε να τοποθετήσει το λείψανο της βασίλισσας Ισαποστόλου, αλλά πέφτει σε μια ξέρα και δεν κινείται πια, μέχρις ότου το σκήνωμα να βγει σ’ εκείνο τον τόπο, τη νήσο της Αγίας Ελένης, όπου μέχρι σήμερα υπάρχει η εκκλησία που είναι αφιερωμένη στην Αγία Ελένη.
Το έτος 1807 μ.Χ., με τη Ναπολεόντεια κατάργηση του Ολιβετανού μοναστηριού της Αγίας Ελένης, το ιερό λείψανο μετακομίσθηκε προσωρινά στον Άγιο Πέτρο του Castello, για να επιστρέψει κατόπιν στην πρωταρχική του θέση, εκεί όπου ευρίσκεται ακόμη σε μια λάρνακα από γυαλί, κάτω από την αγία Τράπεζα του παρεκκλησίου Βorromeo. Το ιερό λείψανο αποτέλεσε αντικείμενο αναγνωρίσεως το 1929 και το 1991.
Σύμφωνα με μια άλλη εκδοχή το λείψανο της Αγίας Ελένης, όταν αυτή κοιμήθηκε, ενταφιάσθηκε σε μεγαλοπρεπή σαρκοφάγο από πορφυρίτη (σήμερα στα Μουσεία του Βατικανού) που βρισκόταν στο εσωτερικό του μαυσωλείου της Via Labicana, στην τοποθεσία Ad Duas Lauras, μέχρις ότου, προς το έτος 1140 μ.Χ., ο Πάπας Ιννοκέντιος ο Β´ μετέφερε στο ναό της Παναγίας in Ara Coeli, που βρίσκεται στο Καπιτώλιο, τμήμα των λειψάνων της Αγίας Ελένης, αφού το σκήνωμά της είχε εναποτεθεί στο Ναό των Αγίων Αποστόλων στην Κωνσταντινούπολη.
Το ιερό σκήνωμά της είναι πηγή αγιασμού, φωτισμού και ιαμάτων, αναβλύζει τους ποταμούς και κατακλύζει πάθη και καταρδεύει τις ψυχές μας.
Η Σύναξη των Αγίων Κωνσταντίνου και Ελένης ετελείτο στη Μεγάλη Εκκλησία, στο ναό των Αγίων Αποστόλων και στον ιερό ναό αυτών στην κινστέρνα του Βώνου.