Το ιστορικό Μοναστήρι στην Ύδρα, η παλαίφατος Μονή Παναγίας της «Φανερωμένης» και νυν Καθεδρικός Ναός της Μητροπόλεώς μας, αποτελεί το κόσμημα της ηρωοτόκου και αγιοτόκου ενδόξου Νήσου μας. Είναι το Μοναστήρι- έτσι το αποκαλούμε μέχρι σήμερα- που έδρασε την περίοδο της δουλείας του Γένους και που τις ημέρες του Αγώνα της Εθνεγερσίας έλαβε ευθύνες και πρωτοβουλίες σημαντικές. Από ιστορικές πηγές η πρώτη ίδρυση τοποθετείται πριν από το έτος 1655. Η ιστορία του Αντωνίου Μιαούλη «περί της Νήσου Ύδρας» αναφέρει ότι η Μονή εκτίσθη το έτος 1643. Τα εγκαίνια του Ναού ετελέσθησαν πριν από το 17ο αι. στο όνομα του Αγ. Χαραλάμπους και η μετατροπή του έγινε στις αρχές του 17ου αι.
Στην αρχή η Μονή ήταν γυναικεία, συγκροτήθηκε από μια αδελφότητα 18 μοναζουσών και εν συνεχεία μετετράπη σε ανδρώα. Το έτος 1747 η Μονή μετετράπη σε Σταυροπηγιακή με Πατριαρχικό Γράμμα του Πατριάρχη Παϊσίου.
Σημαντική προσωπικότητα στην εξέλιξη της Μονής υπήρξε ο ηγούμενος Νεόφυτος Ζώταλης και μετά την κοίμησή του, το έργο του συνέχισε ο ανιψιός του Ιερόθεος Ζώταλης, ο οποίος και περάτωσε την ανακαίνιση της Μονής το έτος 1774. Πρώτος Ηγούμενος υπήρξε ο Λαυρέντιος (1769-1779) και ο κατάλογος συνεχίζεται μέχρι και τον Άνθιμο (1820-1824). Κατά την επανάστασιν του 1821 στο Μοναστήρι αυτό συνεδρίαζαν οι Προεστώτες και οι Ναυμάχοι, οι Καπεταναίοι και ο Λαός. Έγινε το κέντρο για την απελευθέρωση του Γένους μας, γι’ αυτό και φέρει το προσωνύμιο «Ναυαρχείο». Ο Ναός αποτελεί σήμερα ένα Μουσείο Τέχνης, το οποίο όμως δεν παύει να είναι και η βασικότερη ενορία της Ύδρας.
Η αρχιτεκτονική ακολουθεί το σχήμα των Βυζαντινών Μονών με σαφείς επιρροές από τους χρόνους μετά την άλωση. Το Καθολικό είναι τρίκλιτη θολωτή Βασιλική μετά τρούλου. Τα κλίτη χωρίζονται με κιονοστοιχίες: Το μεσαίο είναι αφιερωμένο στην Κοίμηση της Θεοτόκου, το δεξί στον Αγ. Χαράλαμπο και το αριστερό στον Αγ. Νικόλαο. Το σημαντικότατο Τέμπλο του Ναού κατασκευάσθηκε επί ηγουμενίας Ιεροθέου του 2ου από τον Αρχιτέκτονα Γαβριήλ. Είναι κατασκευασμένο όλο από ατόφιο λευκό μάρμαρο με πλούσια και έντονη ανάγλυφη διακόσμηση (γλυπτά σταυροί, έξεργα, θωράκια, ιωνικοί κιονίσκοι κ.α.). Στο τέμπλο βρίσκονται και οι αξιόλογες εικόνες του Ναού με πλούσια διακόσμημένα επικαλύμματα που υπήρξαν δώρα εις τον Ναό από πλούσιους Υδραίους και Ναυμάχους.
Η γενικότερη διακόσμηση του Ναού είναι καταπληκτική: Η εφέστιος εικόνα της Φανερωμένης βρίσκεται στο παλαιό προσκυνητάρι του Τέμπλου, εικόνες του τέμπλου και φορητές όπως η Παναγία η Βρεφοκρατούσα (η Παναγία του Μαλίκη), Αγ. Κων/νου του Υδραίου, Ευαγγελισμού της Θεοτόκου, Αγ. Σπυρόδωνος κ.α.
Οι πολυέλαιοι και τα κανδήλια προσθέτουν αίγλη στη θέα του Ναού: Υπάρχουν τέσσερις πολυέλαιοι, ο κεντρικός έργο του Κουσουρέλη είναι ασημένιος και απεριγράπτου τέχνης. Την ίδια σχεδιαστική τεχνοτροπία ακολουθούν και οι δύο μικρότεροι στο κεντρικό κλίτος. Ο πιο πολύτιμος και θρυλικός είναι ο εξάφωτος που βρίσκεται κοντά στην ωραία πύλη και έφτασε στην Ύδρα από την Γαλλία ή την Ισπανία. Πρέπει να τονιστεί ότι όλοι οι πολυέλαιοι του Ναού και τα κανδύλια δεν λειτουργούν με ρεύμα αλλά με κεριά ή λάδι.
Τα πάμπολλα κειμήλια του Ναού εκτίθενται στο Εκκλησιαστικό Μουσείο που λειτουργεί εντός του χώρου της Μονής. Το Μοναστήρι έχει δύο κωδωνοστάσια. Το «μικρό» ανεγέρθηκε το 1806 και το δεύτερο και μεγαλύτερο το 1874. Και τα δύο είναι μαρμάρινα με πλούσιο γλυπτό διάκοσμο, οι δε ήχοι των μεγάλων κωδώνων που κρούουν από το Μεγάλο Κωδωνοστάσιο δημιουργούν δέος και κατάνυξη.