Η κρύπτη αυτή ήταν η αιτία να μετονομαστεί ο τότε οικισμός της Νέας Αλεξάνδρειας, σε Φιλοθέη. Η κρύπτη επικοινωνούσε, μέσω μιας υπόγειας σήραγγας, με το μετόχι της Καλογρέζας, που υπαγόταν στο Μοναστήρι των Αθηνών, δηλαδή του Αγ. Ανδρέου. Το μετόχι της Καλογρέζας βρισκόταν κοντά στην οδό Καποδιστρίου (απέναντι από το σημερινό Τένις Φιλοθέης) και το ίδρυσε η ίδια η Αγία Φιλοθέη σε κτήμα που της ανήκε, όπως και ο Λόφος της Κρύπτης. Σ’ αυτό λοιπόν το ναΐδιο, που ήταν αφιερωμένο στα Εισόδια της Θεοτόκου και βρισκόταν στην άλλη άκρη της Κρύπτης, κατέφευγε η Αγία Φιλοθέη για να προσευχηθεί απερίσπαστη από τις απειλές των Τούρκων. Από άλλους εικάζεται πως η κρύπτη ήταν μία φυσική σπηλιά, την οποία η Αγία Φιλοθέη είχε διαμορφώσει σε παρεκκλήσι όπου κατέφευγε. Λέγεται ότι την υπόγεια στοά την χρησιμοποιούσε η Φιλοθέη για να ξεφεύγει μαζί με τις καλόγριές της προς την άλλη μονή (ή και οπουδήποτε αλλού) κατά τις επιδρομές των Τούρκων…
Κοντά στην κρύπτη χτίστηκε η εκκλησία της Αγίας Φιλοθέης. Ένας στενός και μικρός διάδρομος είναι αυτό που βλέπει ο σημερινός επισκέπτης της κρύπτης. Ο χώρος κατόπιν διαμορφώθηκε και τελικά πήρε τη σημερινή του μορφή. Πρίν τα έργα υπήρχε μία καθοδική είσοδος /σπηλιά μέσα σε αυτήν που οδηγούσε προς τα κάτω…