Ο επισκέπτης εισέρχεται στη μονή από την είσοδο που βρίσκεται επί της οδού Γενναδίου 14. Στον περίβολο της θα βρεθεί μπροστά στον τάφο του δασκάλου του Γένους, Κωνσταντίνου Οικονόμου του εξ Οικονόμων. Όπως επίσης και σε διάφορα αρχαία μαρμάρινα τμήματα στον περίβολο της Ι. Μονής, τα οποία αποτελούν ένδειξη και μαρτυρία ότι στο χώρο και συνολικά στα κτίσματά που υπήρχαν σε αυτόν, έγιναν αρκετές ανακαινίσεις και επισκευές, με σημαντικότερη όλων αυτή του 1673, από την οποία πήρε και την προσωνυμία ως Ιερά Μονή Ασωμάτων Πετράκη.
Την ανακαίνιση αυτή έκανε ο προερχόμενος από την Μονή του Φιλοσόφου της Δημητσάνης ιερομόναχος Παρθένιος Πετράκης, ο οποίος ήταν εκ των πλέον εύπορων γιατρών της εποχής και συνάμα εύπορος Ιατρός. Ο Παρθένιος τότε είχε εγκατασταθεί και εγκατεβίωνε στην Ιερά Μονή του Προφήτου Προδρόμου, η οποία βρισκόταν στο όρος Υμηττός, με την προσωνυμία του Καρέως, στην οποία είχε υπαχθεί η Ι. Μονή των Ασωμάτων, ως Μετόχιο – γνωστή τότε με την ονομασία » Ι. Μονή των Ασωμάτων του Κουκουπούλη «.
Με Πατριαρχικό Σιγίλιο του 1777, επί Πατριάρχου Σωφρονίου Β, η μονή αναβαθμίστηκε και τότε εντάχθηκε σε αυτή η μοναστική αδελφότητα από τον Καρέα. Τότε ήταν που θεσπίστηκε να εκλέγεται Ηγούμενος της από τη γενιά των Πετράκηδων.
Από το 1673 ως το 1840 Ηγουμένευσαν οκτώ (8) από τη γενιά των Πετράκηδων.
Κατά την περίοδο της Επαναστάσεως η μονή υπέστη μεγάλες λεηλασίες και πολλοί μοναχοί έχασαν τη ζωή τους, σε αντίποινα των Τούρκων για τη βοήθεια που είχαν προσφέρει στην πρώτη περίοδο της Επανάστασης.
Μετά την απελευθέρωση και λόγω της έλλειψης χώρων για την στέγαση των δημόσιων υπηρεσιών, η Ιερά Μονή μετατράπηκε για είκοσι τέσσερα χρόνια (1834-1858 μ.Χ.) σε πυριτιδαποθήκη και τα κελιά σε στρατώνες.
Στους Βαλκανικούς Πολέμους, οι χώροι του, ακόμη και ο Ναός, επιτάχθηκαν, ενώ μετά τη Μικρασιατική Καταστροφή στέγασε για τρία χρόνια πρόσφυγες. Στη γερμανική Κατοχή οργάνωνε γεύματα για παιδιά, ενώ το 1944 μ.Χ. μετατράπηκε σε στρατιωτικό νοσοκομείο.
Η Μονή θεωρείται σήμαρα ένας «σημαντικός εθνικός ευεργέτης» καθότι η Ριζάρειος, το ΝΙΜΤΣ, ο Ευαγγελισμός, το Αιγινήτειο, το Αρεταίειο, το Συγγρού, το Λαϊκό, η Σωτηρία, το Ασκληπιείο, η Ακαδημία Αθηνών, το Πολυτεχνείο, η Μαράσλειος Σχολή, η Αγγλική Αρχαιολογική Σχολή, η Γεννάδιος Βιβλιοθήκη είναι μερικά μόνο από τα κτίρια που χτίστηκαν σε εκτάσεις που δωρίσει η μονή στο κράτος.
