Τον ακολούθησε στο Όρος και τελικά κατέληξε στην Ιερά Μονή Σταυρονικήτα (2-12-68). Ήταν μεγαλόσχημος, προϊστάμενος και αντιπρόσωπος της Μονής. Ο Γέροντας τον αγαπούσε ιδιαίτερα, γιατί έκανε υπακοή.
Αυτός αρρώστησε και εισήχθη στο Λαϊκό Νοσοκομείο Αθηνών. Διαπιστώθηκαν από τις εξετάσεις εκτεταμένες πνευμονικές μεταστάσεις προερχόμενες από όγκο, για την αφαίρεση του οποίου είχε υποβληθή παλαιότερα σε εξόρυξη του ενός οφθαλμού. Συσσωρευόταν υγρό γύρω από τον πνεύμονα, του γίνονταν συχνές παρακεντήσεις, είχε δύσπνοια και κατά διαστήματα επίμονο αίσθημα πνιγμονής. Όταν πληροφορήθηκε ο Γέροντας την κατάσταση του ασθενούς, απεφάσισε να μεταβή στην Αθήνα προς συμπαράστασή του.
Ο κ. Παναγιώτης Δροσίτης, επίτιμος πρόεδρος Εφετών, που είχε την ευλογία να φιλοξενήση για ένα μήνα τον Γέροντα στο σπίτι του, αναφέρει:
«Ο Γέροντας έφθασε αργά το βράδυ στο σπίτι μου και τακτοποίησα την διαμονή του σε ένα ανεξάρτητο τμήμα του διαμερίσματός μου, ώστε να μπορή να κινήται άνετα, χωρίς να αισθάνεται ότι ενοχλεί. Το υπνοδωμάτιό μου χωριζόταν από το δωμάτιο που παραχώρησα στον π. Παΐσιο με μια συρόμενη τζαμόπορτα, κάτι που εκείνος δεν είχε αντιληφθή, και έτσι χωρίς να το θέλω, μέχρις ότου αποκοιμήθηκα, μοιράστηκα ένα μεγάλο μέρος της ολονύκτιας έμπονης προσευχής που έκανε στον Χριστό και την Παναγία για τον ασθενή π. Αθανάσιο, ζητώντας την θεραπεία του. Εκείνο το βράδυ θα πρέπει να είδε όραμα, γιατί από την άλλη ημέρα μιλούσε για την αναχώρηση του π. Αθανασίου, σαν να του δόθηκε σαφής απάντηση στην επίμονη παρακλητική προσευχή που προηγήθηκε τη νύχτα.
»Το πρωί της άλλης ημέρας έδειξε να αιφνιδιάζεται ο Γέροντας και εμφανώς να ταράσσεται, όταν του είπα ότι κοιμήθηκα στο διπλανό δωμάτιο, σαν να μην ήθελε να γνωστοποιηθή ό,τι συνέβη και ό,τι ακούστηκε εκείνο το βράδυ. Το ίδιο πρωί πήγαμε στο Νοσοκομείο, όπου συναντήθηκε με τον π. Αθανάσιο και άρχισε πνευματική εργασία με τους ασθενείς και με τον κόσμο που κυκλοφορούσε στο θεραπευτήριο. Είδε τους γιατρούς, ενημερώθηκε για την κατάσταση της υγείας του π. Αθανασίου και υπέδειξε στους θεράποντες να πουν στον ασθενή με κάθε λεπτομέρεια και ειλικρίνεια την σοβαρότητα της καταστάσεως.
»Αρχικά ο π. Αθανάσιος μαθαίνοντας τα της υγείας του περιήλθε σε περίσκεψη και στενοχώρια. Δεν άργησε όμως, με την επαφή του με τον Γέροντα και την πνευματική στήριξη που του παρείχε, να αναθαρρήση και από μελλοθάνατος να μετατραπή σε κήρυκα ζωής, παρά την συνεχώς επιδεινούμενη κατάσταση της υγείας του.
»Εν τω μεταξύ, η καθημερινή παρουσία του π. Παϊσίου στο Νοσοκομείο μετέτρεψε τους διαδρόμους, τα κλιμακοστάσια και τους θαλάμους σε αληθινά θεραπευτήρια ψυχών, στα οποία προσέτρεχαν γιατροί, νοσοκόμοι, ασθενείς και πολλοί υγιείς σωματικά άνθρωποι, κάθε ηλικίας, για να πάρουν ευλογία, ενίσχυση και λύση στα προβλήματά τους. Η αγάπη του Γέροντα προσφερόταν πλουσιοπάροχα σε όλους που προσέτρεχαν σε αυτόν, αλλά και ο ίδιος ψάχνοντας εύρισκε περιπτώσεις για να προσφέρη την αγάπη του.
»Θυμούμαι τον Γέροντα να προσφέρη ό,τι είχε σε πτωχούς ασθενείς. Ακόμη να αγωνιά και να προσεύχεται για ένα νεαρό κορίτσι που έκανε ηθικές αταξίες και να αναπαύεται στην συνέχεια από πληροφορία που είχε ότι το πλάσμα αυτό του Θεού θα ακολουθούσε στο τέλος σωστό δρόμο.
»Αργά το βράδυ επέστρεφε στο σπίτι, μετά από ολοήμερη κούραση και ταλαιπωρία, συνεχίζοντας πολλές φορές να βλέπη ανθρώπους που δεν μπόρεσαν να τον δουν στο Νοσοκομείο. Δεν θυμούμαι καμμία ημέρα να φανέρωσε την κούραση και ταλαιπωρία του. Αντιθέτως ήταν εύχαρις με το γνωστό χιούμορ του. Περιέσωσα ένα από τα χαριτωμένα σημειώματα που καθημερινά μου άφηνε, για να με ευχαριστήση και να με διατηρή σε ατμόσφαιρα χαράς.
»Όταν πια βεβαιώθηκε ο Γέροντας ότι ο ασθενής είχε στερεωθή και προαχθή στην πίστη και είχε, παρά τα σωματικά του παθήματα, μετατραπή σε έναν ολόφωτο κήρυκα ζωής, ο οποίος στήριζε και χαροποιούσε άλλους ασθενείς του θαλάμου του, άλλων θαλάμων, μα και αυτούς τους επισκέπτες του, ανεχώρησε από την Αθήνα, χωρίς όμως να σταματήση να επικοινωνή μαζί του με θερμότατες επιστολές, που του έστελνε μέσω εμού. Περιέσωσα την τελευταία επιστολή που δεν τον βρήκε ζώντα. Είχε εσώκλειστη στην επιστολή και φωτογραφία του π. Τυχωνος. Η κοίμηση του π. Αθανασίου ήταν εξαγιασμένη.
»Κατά την άφιξη της σορού του π. Αθανασίου στον Αρσανά της Σταυρονικήτα μου έλεγε ο π. Παΐσιος ότι ήταν τόσο χαρούμενη και γαλήνια η μορφή του, ώστε αν δεν ντρεπόταν (ο π. Παΐσιος) τους παρισταμένους, θα ξεφώνιζε από χαρά και δοξολογία στον καλό Θεό».
Ο π. Αθανάσιος εκοιμήθη εν Κυρίω στις 6-5-1972. Σχετικά με την κοίμησή του διηγήθηκε και ο Γέροντας: «Ο π. Αθανάσιος αρρώστησε παλαιά με μελάνωμα. Είχε γεμίσει, αλλά έζησε χρόνια και τελευταία έκανε μετάσταση στους πνεύμονες και τον ξαναπήγαν στο Νοσοκομείο. Για ένα μήνα έμεινα εκεί κοντά σε ένα γνωστό σπίτι και πήγαινα δυο φορές την ημέρα και τον έβλεπα. Όταν έφυγα, μετά από λίγο καιρό, πέθανε. Το είχα καταλάβει· είχα δει ένα όραμα και την ημέρα της κοιμήσεώς του είπα ότι αυτός σήμερα θα πεθάνει. Και μετά μας τον έφεραν στο Μοναστήρι. Όταν τον είδα, λυπήθηκα. Ήταν η λύπη για τα περασμένα. Για τα χρόνια που ζήσαμε μαζί. Για όσα χρόνια θα χωριζόμασταν μέχρι να φύγω και εγώ. Και όταν τον φίλησα για τελευταία φορά, μου χαμογέλασε. Ναι, για παρηγοριά. Το επέτρεψε ο Θεός!»
Από το βιβλίο: Ιερομονάχου Ισαάκ, ΒΙΟΣ ΓΕΡΟΝΤΟΣ ΠΑΪΣΙΟΥ ΤΟΥ ΑΓΙΟΡΕΙΤΟΥ, Στ’ έκδοσις, Άγιον Όρος 2008, σελ. 227