Η παράδοση θέλει ο εν λόγω Τρισάγιος Ύμνος να πρωτακουστηκε από ένα νεανία στην Κωνσταντινούπολη την εποχή του Θεοδοσίου του Β΄(408-450).
Μια πρώτη βιβλική αναφώνηση του ύμνου περιέχεται στο Βιβλίο του Ησαΐα, 6,3, όταν ο προφήτης Ησαΐας άκουσε να τον ψάλλουν ακατάπαυστα οι Άγγελοι γύρω από το θρόνο του Θεού (Άγιος, άγιος, άγιος Κύριος Σαβαώθ, πλήρης πάσα η γη της δόξης αυτού).
Ωστόσο ιστορικά αποδεδειγμένο είναι ότι ο εν λόγω ύμνος ανήκε στις αναφωνήσεις των μελών της Δ’ Οικουμενικής Συνόδου.Πρόκειται λοιπόν για έναν ύμνο που είναι γνωστός και σε λειτουργική χρήση, τουλάχιστον από τον 5ο αι. Στους πρώτους αιώνες ψάλλονταν από τους ψάλτες τρεις φορές μετά από ψαλμικό στίχο και επαναλαμβάνονταν από το εκκλησίασμα επίσης τρεις φορές. Σήμερα ψάλλεται τρεις φορές αντιφωνικά από τους χορούς, εκτός αν υπάρχει αρχιερατικό συλλείτουργο, οπότε και επαναλαμβάνεται ακόμα δύο φορές.
Ο ήχος στον οποίο έχει επικρατήσεις να ψάλλεται «κατά παράδοση» είναι ο β΄. Στην Εκκλησία η «κατά παράδοσιν» ψαλμώδηση έχει μεγάλη αξία, γιατί πρόκειται για μια ζωντανή συνέχεια η οποία διατηρεί στοιχεία παλαιά και δοκιμασμένα στη λογική λατρεία της Εκκλησίας.
Η ηχογράφηση που ακολουθεί προέρχεται από τον Ιερό Καθεδρικό Ναό της του Θεού Σοφίας Θεσσαλονίκης (5/12/2016) και ψάλλουν οι: Γεώργιος Ντόβολος και Χρήστος Τογκαρ.