Στο εσωτερικό της Μονής φυλάσσεται η θαυματουργή εικόνα της Παναγίας Χρυσοπηγής.
Σύμφωνα με την λαϊκή παράδοση, τα χρόνια των Κουρσάρων στο μοναστήρι της Παναγιάς της Χρυσοπηγής, ζούσαν καλόγριες οι οποίες συντηρούσαν την μονή και ζούσαν στα κελιά της.
Σε μια επιδρομή στο νησί, και ενώ οι περισσότερες από τις καλόγριες της πρόλαβαν να φύγουν μακριά από τους επιδρομείς, μια εξ΄ αυτών έμεινε πίσω στην μονή. Καταδιωκόμενη από τους Κουρσάρους, η καλόγρια παρακάλεσε την Παναγιά την Χρυσοπηγή να την σώσει. Ανταποκρινόμενη στο κάλεσμα, η Παναγιά χώρισε τον όρμο στα δύο δημιουργώντας ένα σχίσμα, ρίχνοντας τους επιδρομείς στην θάλασσα. Το σχίσμα αυτό είναι το χαρακτηριστικό γνώρισμα της Χρυσοπηγής όπου μια λωρίδα θάλασσας χωρίζει τον όρμο από τη στεριά.
Μια άλλη εκδοχή λέει πως τα βράδια οι γυναίκες συνήθιζαν να ανάβουν τα καντήλια της Παναγίας. Μια φορά, όμως, μόλις μπήκαν στην εκκλησία αντιλήφθηκαν ότι δεν ήσαν μόνες τους. Κάτω από το δάπεδο κοιμόταν μια καραβιά πειρατές. Αψηφώντας τον κίνδυνο, εκείνες ελίχθηκαν με επιδεξιότητα ανάμεσα στους κοιμισμένους άνδρες, άναψαν τα καντήλια και το θυμιατό, αλλά την ώρα που έφευγαν ένα πειρατής ξύπνησε από τη μυρωδιά του λιβανιού, σήκωσαν και τους άλλους και της πήραν στο κυνήγι με άγριες διαθέσεις. Κι ενώ οι γυναίκες έτρεχαν έξω από την εκκλησία για να γλιτώσουν, παρενέβη η Παναγία, έσκισε το βράχο και οι πειρατές δεν πρόλαβαν να περάσουν.
Η Παναγία Χρυσοπηγή έχει ανακηρυχθεί προστάτιδα του νησιού από το 1964 μ.Χ. και στη Παναγία αποδίδονται πάνω από 35 θαύματα.
Η κύρια εκκλησία είναι μια βασιλική με κυλινδρικό θόλο και εσωτερικούς τοίχους που σχηματίζουν μια ημικυκλική αψίδα. Το δάπεδο είναι μαρμαρόστρωτο και φέρει μια επιγραφή με τη χρονολογία 1818 μ.Χ. Διαθέτει επίσης ένα υπέροχο ξυλόγλυπτο τέμπλο.
Κανονικά εορτάζει την Πέμπτη μέρα μετά το Πάσχα, όμως στη Σίφνο η Παναγιά η Χρυσοπηγή τιμάται πανηγυρικά την ημέρα της Ανάληψης του Κυρίου, δηλαδή 40 μέρες ύστερα από το Πάσχα.
Διαβάστε επίσης: Πασίγνωστη τραγουδίστρια εγκατέλειψε τα εγκόσμια και έγινε η μοναχή Θεονύμφη