Στην περιοχή του Ελ Αλαμέιν (αραβική παραφθορά του ονόματος του Αγίου Μηνά), όπου βρισκόταν τα ερείπια ναού του Αγίου Μηνά και ίσως και ο τάφος του, οι αντίπαλες δυνάμεις προετοιμάζονταν για την αποφασιστική σύγκρουση η οποία θα έκρινε το αν οι Σύμμαχοι θα κατάφερναν να παραμείνουν στην Αφρική.
Μεταξύ των συμμαχικών στρατευμάτων βρισκόταν και ελληνική στρατιωτική δύναμη, η οποία πήρε μέρος στη μάχη. Ένα από τα βράδια εκείνα, πολλοί στρατιώτες είδαν τον Άγιο Μηνά να βγαίνει από τα ερείπια του ναού του οδηγώντας ένα καραβάνι με καμήλες, όπως απεικονίζεται σε μία από τις παλαιές αγιογραφίες του ναού του, και να μπαίνει μέσα στο στρατόπεδο των εχθρικών δυνάμεων.
Η εμφάνιση αυτή του Αγίου Μηνά κατατρόμαξε τους Γερμανούς και υπονόμευσε καίρια το ηθικό τους, πράγμα που συνέβαλε καθοριστικά στη νίκη των συμμαχικών δυνάμεων.
Σε ανταπόδοση της ευεργεσίας αυτής του Αγίου παραχωρήθηκε στο Πατριαρχείο Αλεξανδρείας ο τόπος εκείνος και ξανακτίσθηκε ο ναός καθώς και μοναστήρι του Αγίου Μηνά.