Ο Ιωάννης Δαμασκηνός (8ος αι. μ.Χ.) θεώρησε τη νέα μουσουλμανική διδασκαλία ως «μη σοβαρή υπόθεση», χαρακτηρίζοντάς την ως «χριστιανική αίρεση».
Μεταξύ του 9ου και 14ου αι. υιοθετείται επιθετικότερη τακτική εκ μέρους του Βυζαντίου. Ο φιλοσοφικός στοχασμός και οι μαρτυρίες της Αγίας Γραφής ήταν οι βάσεις των επιχειρημάτων των Βυζαντινών. Η χριστιανική κριτική στρεφόταν εναντίον του προσώπου του ιδρυτού του Ισλάμ, δεδομένου ότι ο Μωάμεθ δεν προαναγγέλθηκε από προφήτες, δεν είχε μάρτυρες για την αποκάλυψη που του έγινε, δεν έκανε θαύματα και η ηθική του υπόσταση δεν βρισκόταν στο ενδεδειγμένο ύψος. Μερικοί τον ταύτιζαν με τον ίδιο τον Αντίχριστο.
Ωστόσο «όλες οι περί Ισλάμ βυζαντινές πραγματείες καταδεικνύουν ότι υπάρχει κοινό εννοιολογικό έδαφος και στις δύο θρησκείες που κάνει εφικτό τον διάλογο. Μια τέτοια θεολογική γλώσσα δεν υφίσταται μεταξύ Χριστιανισμού και άλλων θρησκευμάτων π.χ. των Ινδιών». Αυτό αναφέρει ο Μακαριότατος Αρχιεπίσκοπος Τιράνων και πάσης Αλβανίας Αναστάσιος Γιαννουλάτος στο βιβλίο του «Παγκοσμιότητα και Ορθοδοξία» (εκδ. «Ακρίτας», 2001, σσ. 139-155), στο κεφάλαιο IV με τίτλο: «Ο Διάλογος με το Ισλάμ», από Ορθόδοξη άποψη. Όπως υποστηρίζει ο Μακαριότατος η συνάντηση της Ορθοδοξίας με το Ισλάμ ήταν αναπόφευκτη, εφ᾽ όσον η ισλαμική θρησκεία άνθισε σε περιοχές όπου είχε αναπτυχθεί ο Ορθόδοξος Χριστιανισμός: Παλαιστίνη, Αίγυπτο, Συρία, Μικρά Ασία. Οι διάλογοι μεταξύ των δύο θρησκειών στα μέρη αυτά ήταν μία προσπάθεια «για να καθορισθούν οι διαφορές και οι θέσεις των δύο θρησκευτικών μορφωμάτων και εμπειριών».
Από τους διαλόγους αυτούς μεταξύ Αυτοκρατόρων του Βυζαντίου ή Ιεραρχών και Πατέρων της Ορθοδοξίας με αξιωματούχους Μουσουλμάνους ξεχωρίζουν τα κείμενα των Αγίου Γρηγορίου Παλαμά (14ος αι.) και του πρώτου μετά την Άλωση Οικουμενικού Πατριάρχη Γεωργίου-Σχολαρίου Γενναδίου (15ος αι.).
Ο Άγιος Γρηγόριος Παλαμάς γεννήθηκε στην Κ/Πολη το 1296, όπου σπούδασε κυρίως Αριστοτελική φιλοσοφία. Τη Θεολογία τη σπούδασε ως Μοναχός στο Παπίκιο Όρος, στο Άγιον Όρος και στη Βέροια. Θεωρήθηκε μέγας Θεολόγος της ασκήσεως και της μετάνοιας ενταγμένος ως Ησυχαστής στη σειρά των φωτισμένων από το Άγιο Πνεύμα Πατέρων, που αρχίζει από τους Αποστόλους.
Από το 1347-1359 χρημάτισε Μητροπολίτης Θεσσαλονίκης. Το 1334 αιχμαλωτίσθηκε από τους Τούρκους, οι οποίοι είχαν τότε απλώσει την κυριαρχία τους σε όλη τη Μ. Ασία. Ως αιχμάλωτος στη Λάμψακο της Μ. Ασίας διαλέχθηκε τρεις φορές με αξιωματούχους Μουσουλμάνους που ζήτησαν να τους μιλήσει για τη δική του χριστιανική πίστη.
Στους διαλόγους αυτούς ο Άγιος Γρηγόριος μίλησε με ευγένεια και σαφήνεια παραμένοντας ακριβής και σταθερός στις χριστιανικές του θέσεις, συγχρόνως όμως πράος και υπομονετικός στις αντιδράσεις των Μουσουλμάνων. Στο επιχείρημά τους ότι οι νίκες του Ισλάμ αποδεικνύουν την υπεροχή του ο Γρ. Παλαμάς απάντησε ότι οι νίκες αυτές έγιναν με πόλεμο, μαχαίρια, φόνους και λεηλασίες από τα οποία κανένα δεν ανταποκρίνεται στην ανέκαθεν αγαθότητα του Θεού. Όταν κάποιος του είπε ότι δεν συμφωνούν, ο Άγιος απάντησε: «ει κατά τους λόγους συνεφωνούμεν ενός αν ήμεν δόγματος». Τότε κάποιος Μουσουλμάνος είπε φιλικά: «Έστιν ότε συμφωνήσομεν αλλήλοις».
Ο Άγιος Γρηγόριος έστειλε, ως αιχμάλωτος, επιστολή προς τους Θεσσαλονικείς «Προς την εαυτού Εκκλησίαν», εμπεριέχουσα τα κείμενα των τριών διαλόγων του. Ελευθερώθηκε με λύτρα που συγκέντρωσαν οι Μοναχοί του Αγίου Όρους. Η θεολογική ταυτότητα του Αγίου Γρηγορίου Παλαμά είναι ο Ησυχασμός, τον οποίον ανέδειξαν και οι Κολλυβάδες τον 18ο-19ο αι.
Όταν ο Σουλτάνος Μωάμεθ Β´ κατέκτησε την Κ/Πολη το 1453, γεννημένος από χριστιανή μητέρα, θέλησε να μάθει περισσότερα για την Πίστη των Χριστιανών. Επισκέφθηκε λοιπόν το 1455 τον Οικουμενικό Πατριάρχη Γεννάδιο στο Πατριαρχείο, που τότε ήταν στη Μονή Παμμακαρίστου.
Ο Γεννάδιος, μετά από μία προφορική Ομολογία, έγραψε, κατόπιν επιθυμίας του Σουλτάνου, ένα σπουδαίο απολογητικό έργο με τίτλο: «Περί της Μόνης οδού προς την σωτηρίαν του ανθρώπου». Ο Σουλτάνος όμως ζήτησε ένα συντομότερο κείμενο, το οποίο έγραψε ο Πατριάρχης το 1456, πριν παραιτηθεί από τον Πατριαρχικό θρόνο. Το δεύτερο αυτό κείμενο είναι γνωστό ως «Ομολογία Πίστεως». Καί τα δύο αυτά κείμενα μεταφράστηκαν στην τουρκική και αραβική γλώσσα.
Ο Πατριάρχης τονίζει σ᾽ αυτήν την «Ομολογία» ότι: «στην Παλαιά Διαθήκη, δεκτή από το Κοράνιο, υπάρχουν προφητείες αναφορικά με τη ζωή και τις πράξεις του Κυρίου Ιησού Χριστού και ακόμα για όσα έπραξαν οι Μαθητές Του, με τη δική Του δύναμη». Επίσης ότι προφήτευσαν γι᾽ Αυτόν και τα Μαντεία των Αρχαίων Ελλήνων. Επίσης τονίζει ότι η χριστιανική πίστη δεν περιέχει τίποτα που να μην πραγματοποιείται από τον άνθρωπο, αλλά και δεν βασίζεται σε υλικά πράγματα. Παρά το γεγονός ότι η χριστιανική Πίστη πολεμήθηκε επί 318 χρόνια, με πολλά μαρτύρια και φόνους από τους ειδωλολάτρες, στο τέλος η πίστη νίκησε και παραμένει στον κόσμο, όπου και θα παραμείνει έως τη Δευτέρα Παρουσία του Υιού και Λόγου του Θεού».
Το συγγραφικό έργο του Γενναδίου είναι τεράστιο. Τα «ΑΠΑΝΤΑ» αποτελούν 8 τόμους φιλοσοφικών και θεολογικών μελετών μεγάλης αξίας. Κατά τα έτη 1928-1936 έγινε η κριτική έκδοσή τους στη Γαλλία από Γάλλους εκδότες, οι οποίοι θεωρούν τον Γεννάδιο ως τον μεγαλύτερο Θεολόγο και Φιλόσοφο του Βυζαντίου. Άλλωστε από τη νεότητά του είχε αρχίσει να συγγράφει με ποικιλία θεμάτων: Γραμματική, Φιλοσοφία, Ρητορική, Θεολογία, Απολογητική, Ασκητική, Ποιμαντική.
Ο Πρωτοπρεσβύτερος και καθηγητής του Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης Θεόδωρος Ζήσης γράφει: «Οι νεο-Έλληνες χρωστάμε στον Άγ. Γεννάδιο-Σχολάριο την εθνική και θρησκευτική μας επιβίωση κατά τα 400 χρόνια της σκλαβιάς, επειδή ο Μωάμεθ, λόγω της εκτιμήσεως και του θαυμασμού που έτρεφε για την αγιότητα και την σοφία του Πατριάρχου, παρεχώρησε στο Ελληνικό Έθνος τα εθνικά και θρησκευτικά προνόμια» (βλ. Ειρήνης Οικονομίδου, πτυχ. Θεολογίας και Πολιτικών Επιστημών, «Γενναδίου του Σχολαρίου, ΠατριάρχουΚων/Πόλεως και Γρηγορίου Παλαμά, Ομολογία της Χριστιανικής Πίστεως προς το Ισλάμ», Εκδ. Νεκτ. Παναγόπουλος, 2002, σσ. 22-23). Στο βιβλίο αυτό εμπεριέχονται τα κείμενα των Ομολογιών και οι Βιογραφίες των δύο μεγάλων Ομολογητών.
Ο 20ός αι. υπήρξε για τον Ελληνισμό μία νέα, ίσως η πιο επικίνδυνη, Τουρκοκρατία. Το 2022 συμπληρώνονται 100 χρόνια από τη μεγάλη Εθνική Καταστροφή και τον εν συνεχεία ξερριζωμό των Ελλήνων από τα πάτρια εδάφη της Μ. Ασίας. Ωστόσο από την αρχή του 20ού αι. είχαν αρχίσει οι διώξεις και οι εκτοπισμοί. Έχουμε ήδη μιλήσει για τον «διορισμό»-εξορία του Μηνά Χαμουδόπουλου, Μεγάλου Ρήτορα της Μεγάλης του Χριστού Εκκλησίας το 1901, στο μακρινό Διαρβεκήρ (Ντιγιάρμπακιρ).
Ο Εθνικισμός των Ευρωπαϊστών, με έντονη την εβραϊκή ανάμειξη Νεοτούρκων, φανερώθηκε κυρίως μετά την Επανάσταση του 1909, με άγριες διώξεις και αιφνίδιες εξαφανίσεις Ελλήνων, κυρίως διανοουμένων.
Μετά τους Βαλκανικούς πολέμους, των οποίων η κύρια αιτία ήταν οι ωμότητες των Τούρκων στη Μακεδονία – Σερβία – Βουλγαρία, ξέσπασε άγρια η εκδικητική μανία τους εναντίον των Ελληνικών πληθυσμών της Ανατολικής Θράκης. Σφαγές και λεηλασίες σε ελληνικά χωριά, ενώ χιλιάδες Έλληνες των παραλίων της Μ. Ασίας αναγκάζονταν να βαδίζουν σε εξοντωτικές πορείες προς το εσωτερικό της χώρας. Στο στόχαστρο των Τούρκων ήταν κυρίως Έλληνες και Αρμένιοι, τους οποίους ήθελαν να ξερριζώσουν από τα εδάφη τους. Ο Βρετανός ιστορικός ArnoldToynbee υπήρξε αυτόπτης μάρτυς, το 1914, της διώξεως των κατοίκων της Περγάμου. Το 1915 έγινε η γενοκτονία των Αρμενίων, το 1916-1920 η γενοκτονία των Ποντίων (βλ. Δημ. Καλουμένου, «Μικρά Ασία, ο υπό Τουρκικής Κατοχής Ιερός χώρος των Ελλήνων», εκδ. «Πελασγός», 1996, στη σειρά των εκδόσεων της «Εταιρείας Προστασίας Εθνικής Κληρονομιάς»).