Η Παιδεία στη Σμύρνη λειτούργησε πάντα σε συνάρτηση με τη χριστιανική-ορθόδοξη Αλήθεια, διαμορφώνοντας έναν υγιή, αυθεντικό Πατριωτισμό.
Όταν η Σμύρνη έγινε Ελληνική, η Ευαγγελική Σχολή έπρεπε να βρίσκεται στο ύψος των περιστάσεων. Μετά το τέλος του Ευρωπαϊκού Πολέμου η Εφορεία της Σχολής προσκάλεσε ως Διευθυντή της Σχολής τον Νικόλαο Λιθοξόο, τον τελευταίο Διευθυντή της. Ο Λιθοξόος είχε γεννηθεί στις Σαράντα Εκκλησίες της Ανατολικής Θράκης. Σπούδασε φιλολογία στην Αθήνα και στη Γερμανία και διετέλεσε για πολλά χρόνια Γυμνασιάρχης στη φημισμένη Σχολή της Τραπεζούντας. Στην Ευαγγελική Σχολή βελτίωσε το αναλυτικό πρόγραμμα της διδακτέας ύλης, τους κύκλους των μαθημάτων, τον τρόπο των εξετάσεων και αύξησε τα χρόνια φοιτήσεως στα δημοτικά σχολεία, τα εξαρτημένα από την Ευαγγελική Σχολή. Έτσι το σύνολο των ετών της Δημοτικής και Μέσης Εκπαιδεύσεως ανέβηκε στα δώδεκα χρόνια. Παρέμεινε ως Γυμνασιάρχης έως την Καταστροφή. Ο Λιθοξόος κοιμήθηκε στη Νέα Σμύρνη των Αθηνών το 1938. Ο εκάστοτε Γυμνασιάρχης της Ευαγγελικής Σχολής εθεωρείτο ως ο ανώτατος λειτουργός της Ελληνικής παιδείας ολόκληρης της Ιωνίας. Τον τιμούσαν ως Πρύτανι Πανεπιστημίου.
Πρέπει να σημειώσουμε ότι η Εφορεία της Ευαγγελικής Σχολής κατόρθωσε τα τελευταία προ της Καταστροφής χρόνια να ανεγείρει ένα νέο μεγαλοπρεπέστερο κτήριο σε οικόπεδο που δώρησε ο Μεγάλος Ευεργέτης της Σχολής Κιουπετζόγλου. Το κτήριο αυτό, εκτός πολλών άλλων, περιελάμβανε και Αστεροσκοπείο.
Όλα ήταν έτοιμα κατά το έτος 1922-1923. Δυστυχώς όμως δεν πρόλαβε να εγκατασταθεί στο νέο λαμπρό κτήριο η Ευαγγελική Σχολή. Η ολέθρια πυρκαϊά, που αποτέφρωσε το μεγαλύτερο μέρος της πόλεως, κατέκαψε όχι μόνο το παλαιό κτήριο της Ευαγγελικής Σχολής, αλλά και ολόκληρη τη βιβλιοθήκη της με τα πολύτιμα βιβλία, αρχεία και χειρόγραφα, αλλά και το αρχαιολογικό της Μουσείο με τα σπουδαία αρχαιολογικά ευρήματα. Διασώθηκε μόνο το ισόγειο του παλαιού κτηρίου και μερικές αποθήκες, όπως και το νέο κτήριο της Σχολής, που βρισκόταν μακριά από το πυρπολημένο τμήμα της πόλεως. Στο κτήριο αυτό στεγάζεται σήμερα τουρκικό δημόσιο σχολείο.
Μιλώντας για την παιδεία στη Σμύρνη, κατά τα τρία τελευταία χρόνια της ζωής της, πρέπει να αναφερθούμε στην προσπάθεια συγκροτήσεως Πανεπιστημίου στη Σμύρνη, ως δευτέρου Ελληνικού Ανωτάτου Ιδρύματος μετά το Πανεπιστήμιο Αθηνών.
Από τις πρώτες μέριμνες του Πρωθυπουργού της Ελλάδας Ελευθερίου Βενιζέλου ήταν η ίδρυση Πανεπιστημίου στην Ιωνική Πρωτεύουσα με άμεσο σκοπό την εξυπηρέτηση ειδικών αναγκών της Μικρασιατικής Ελλάδας, όπως η προαγωγή της γεωργίας και της κτηνοτροφίας, η τεχνική ανάπτυξη της χώρας, η καταπολέμηση των λοιμωδών νόσων, η μόρφωση διοικητικού και άλλου προσωπικού και η διδασκαλία των ανατολικών γλωσσών, καθώς και η ίδρυση δημόσιας βιβλιοθήκης, με συγγράμματα όχι μόνο για καθηγητές και φοιτητές, αλλά και με βιβλία γενικού ενδιαφέροντος. Επίσης το Ίδρυμα αυτό θα περιλάμβανε και Ανώτερο Μουσουλμανικό Ιεροδιδασκαλείο.
Για την οργάνωση του σμυρναϊκού Πανεπιστημίου ο ύπατος Αρμοστής της Ελλάδας Αριστείδης Στεργιάδης, με εισήγηση του Ελ. Βενιζέλου, μετεκάλεσε τον Απρίλιο του 1920, από το Βερολίνο, τον καθηγητή του εκεί Πανεπιστημίου Κωνσταντίνο Καραθεοδωρή. Ο Καραθεοδωρή συνέταξε το σχέδιο της λειτουργίας του Πανεπιστημίου Σμύρνης κατά το πρότυπο αγγλοσαξωνικών Ιδρυμάτων, τα οποία περιλάμβαναν θεωρητικές και εφαρμοσμένες Επιστήμες. Παράλληλα μερίμνησε για την προμήθεια εργαστηριακών οργάνων, και βιβλίων για τη βιβλιοθήκη. Σε συνεργασία με τον ανώτερο υπάλληλο της Εθνικής Βιβλιοθήκης του Βερολίνου δόκτορα Ausserer, ο Καραθεοδωρή πέτυχε την αγορά σπουδαίων συγγραμμάτων, τα οποία στάλθηκαν στη Σμύρνη συσκευασμένα σε 36 μεγάλα κιβώτια. Σ᾽ αυτά προστέθηκαν σπάνια βιβλία για τη Μικρασία, που είχαν συγκεντρώσει οι αυστριακοί αρχαιολόγοι στην Έφεσο, κατά τις ανασκαφές που ενήργησαν κατά τα έτη του Α´ Παγκοσμίου Πολέμου. Ο Καραθεοδωρή, γεννημένος στο Βερολίνο (1873), είχε παρακολουθήσει μαθήματα φιλοσοφίας και μαθηματικών στα Πανεπιστήμια Βερολίνου και Γοτίγγης. Έγινε γνωστός ως κορυφαίος Μαθηματικός.
Για το Πανεπιστήμιο Σμύρνης χρησιμοποιήθηκε μεγάλο κτήριο στο λόφο Μπαχρή Μπαμπά, στις δυτικές υπώρειες του λόφου Πάγου. Περιλάμβανε 70 ευρύχωρες αίθουσες, αμφιθέατρο 320 θέσεων και μεγάλο περίβολο. Το κτήριο του Πανεπιστημίου λειτούργησε, μετά την Καταστροφή, ως τουρκικό Λύκειο Θηλέων.
Όπως γράφει χαρακτηριστικά ο Χρήστος Σολομωνίδης: «Κάτω από τους θόλους των ελληνικών σχολείων της Ιωνίας αντηχούσε κάθε μέρα η Λειτουργία της αγίας Παιδείας, για να διαπλάσσει τους χαρακτήρες, να σφυρηλατήσει τη χριστιανική ευσέβεια, να φλογίσει το εθνικό φρόνημα». (Για το Ιωνικό Πανεπιστήμιο βλ. Χρ. Σολομωνίδη, Η Παιδεία στη Σμύρνη, σσ. 388-412).
Η ίδρυση ενός ανωτάτου επιπέδου Ιδρύματος, όπως το Ιωνικό Πανεπιστήμιο Σμύρνης, που είχε το έμβλημα “Φως εξ Ανατολών”, προϋπέθετε προφανώς υψηλής στάθμης Μέση Εκπαίδευση, ώστε να υπάρξουν φοιτητές άξιοι να παρακολουθήσουν τα μαθήματα των πλέον καταξιωμένων Ελλήνων και ξένων καθηγητών Πανεπιστημίου, όπως ο Γεώργιος Ιωακείμογλου, ο οποίος γεννήθηκε (1886) και ανατράφηκε στη Σμύρνη, φοίτησε στη Σχολή Χημείας του Πανεπιστημίου Βερολίνου, όπου εκλέχθηκε τακτικός καθηγητής. Στα 1927 εκλέχθηκε καθηγητής Φαρμακολογίας στο Πανεπιστήμιο Αθηνών και το 1929 εκλέχθηκε Ακαδημαϊκός. Δυστυχώς δεν ευτύχησε και αυτός να φωτίσει με τις γνώσεις του τους φοιτητές της Ιωνίας.
Ενδεικτικό της βαθιάς γνώσεως της ελληνικής γλώσσας των Σμυρναίων δημοσιογράφων είναι το εξής χαριτωμένο περιστατικό: Ο Γεώργιος Υπερίδης, από τους πολυμαθέστερους δημοσιογράφους, είχε εξειδικευθεί στην επιβίωση των λέξεων της ελληνικής γλώσσας. Διηύθυνε μαζί με τον Σωκράτη Σολομωνίδη επί 40 χρόνια την εφημερίδα “Αμάλθεια”. Κατά την ελληνική κατοχή της Σμύρνης ο Υπερίδης έστειλε ένα δημοσιογράφο να πληροφορηθεί για τις πολιτικές ειδήσεις της ημέρας από έναν αξιωματικό του Ελληνικού Στρατηγείου. Όμως δεν μπόρεσε να ενημερωθεί, διότι στο στήθος του, αντί της λέξεως “ρεπόρτερ” υπήρχε η λέξη “πευθήν”, την οποία αγνοούσε ο Έλληνας αξιωματικός που αρνήθηκε να τον ενημερώσει. Ο Υπερίδης έγινε έξω φρενών με το συμβάν και φώναξε: «Έλληνες αξιωματικοί, από την πόλιν των γραμμάτων δεν γνωρίζουν ελληνικά… Οι αγράμματοι!… Η λέξις πευθήν προέρχεται από το ρήμα πυνθάνομαι, δηλ. πληροφορούμαι, και είναι η αρμόζουσα ελληνική λέξις και όχι το ξενόγλωσσον “ρεπόρτερ”» (Χρ. Σολομωνίδη, Η Δημοσιογραφία στη Σμύρνη 1821-1822, Αθήνα 1959, σσ. 83-84).
Ο Μητροπολίτης Χρυσόστομος, γεμάτος χαρά για την ίδρυση Πανεπιστημίου, ζήτησε από τον Γ. Ιωακείμογλου να τον ενημερώσει γραπτώς για τη λειτουργία του. Ο σοφός Καθηγητής ανταποκρίθηκε με προθυμία στο αίτημα του Χρυσοστόμου και τότε εκείνος του έστειλε ένα ευχαριστήριο γράμμα (Μάιο 1920), στο οποίο, μεταξύ άλλων, γράφει: «Η ίδρυσις τοιούτου καθιδρύματος θα σημειώση σταθμόν εν τη πνευματική ζωή του φιλομαθεστάτου Σμυρναϊκού λαού, ο οποίος θα δύναται, ελεύθερος και ήσυχος, να χωρήση αλματωδώς επί πάσαν πρόοδον και ευδοκίμησιν, προς ας μετ᾽ ενθέου ζήλου αεί εφέρετο, καίπερ υπόδουλος εισέτι ων… Χαιρετίζομεν έμπλεοι χαράς τας αυγάς των νέων Χριστιανικών κατ᾽ Ανατολάς ελευθεριών, άχρις ου ο ανατείλας ήλιος μεσουρανήση και περιλούση, δια των ακτίνων του, τους τρούλλους του θρυλικού Ναού [Αγίας Σοφίας] και τας θρυλικάς επάλξεις της Πόλεως των Ιουστινιανών, των Κομνηνών και των Παλαιολόγων… Εύχομαι Υμίν πάντα τα εφετά και καταθύμια και διατελώ μετ᾽ εξαιρέτου τιμής και ευλογιών. Πρόθυμος εν παντί και φίλος ο Σμύρνης Χρυσόστομος».
Όμως, γιατί ο Ευσεβέστατος Μητροπολίτης ζήτησε ενημέρωση για το Πανεπιστήμιο από τον αείμνηστο Γ. Ιωακείμογλου και όχι από τον Ύπατο Αρμοστή Ελλάδας Αριστείδη Στεργιάδη, στον οποίο ο Ελ. Βενιζέλος είχε αναθέσει την ευθύνη για την ανέγερσή του;
Οι σχέσεις μεταξύ του Χρυσοστόμου και του Αρ. Στεργιάδη δεν ήσαν καθόλου αρμονικές. Ο απολυταρχικός τρόπος διοίκησης του Στεργιάδη δεν είχε γίνει αποδεκτός από τον φέροντα το ορθόδοξο ήθος Μητροπολίτη. Το εθνικό και κοινωφελές έργο του Χρυσοστόμου έβρισκε εμπόδια από την αυταρχική διοίκηση του Στεργιάδη, ο οποίος είχε την τάση να συγκεντρώνει γύρω του όλες τις εξουσίες προκειμένου, όπως πίστευε, να υλοποιήσει κατά την επιθυμία του Βενιζέλου, την αρμονική και ειρηνική συμβίωση μεταξύ Οθωμανών και Ελλήνων, ώστε να αποφεύγονται τα έκτροπα εκ μέρους των Ελλήνων. Με την αυστηρή αυτή στάση του είχε γίνει μισητός σε ένα σεβαστό αριθμό Ελλήνων της Σμύρνης, στους οποίους φαινόταν ως να ήταν σχεδόν με το μέρος των Τούρκων.
Είναι γεγονός ότι ο Στεργιάδης, ως διοικητής Σμύρνης, είχε αναλάβει να φέρει εις πέρας ένα δυσχερές έργο και από πλευράς διοικητικής προκειμένου να μην γίνεται άδικος και προς τους Τούρκους, αλλά και από πλευράς στρατιωτικής αντιμετωπίζοντας καθημερινά τις τουρκικές παρενοχλήσεις. Ήδη κατά τους πρώτους μήνες του 1922, ο Στεργιάδης, γνωρίζοντας ότι οι Τούρκοι του Κεμάλ εμπόδιζαν τους Έλληνες να πραγματοποιήσουν τις ευμενέστατες γι᾽ αυτούς εδαφικές αποφάσεις της Συνθήκης των Σεβρών, έγραφε: «…η Ελλάς δεν δύναται ούτως ή άλλως να συνεχίση τον αγώνα αυτόν και επομένως είναι υποχρεωμένη να τον εγκαταλείψη…». Πράγματι είχε γίνει πλέον φανερό ότι ο Τούρκος διοικητής Νουρεντίν ήταν αποφασισμένος να εξοντώσει σε ολοκληρωτικό βαθμό όλους τους χριστιανούς της Μικράς Ασίας, των οποίων βέβαια το Κέντρο ήταν η Μητρόπολη της Ιωνίας, η Σμύρνη.
Ωστόσο η στάση του Μητροπολίτη Χρυσοστόμου ήταν βεβαίως συμβατή με το ορθόδοξο ήθος και την υπακοή στο Ιερό θέλημα του Παντοκράτορα Θεού. Ο Χρυσόστομος πανηγύρισε για την ελληνική παρουσία στη Σμύρνη, ξεστόμισε προς όλες τις κατευθύνσεις τα πιο ενθουσιώδη λόγια για την απελευθέρωση, όπως όλοι είχαν πιστέψει, του Ελληνισμού της Σμύρνης, έγραψε ευχαριστήριους ύμνους προς τον Θεό, όμως γρήγορα αντιλήφθηκε ότι η εξέλιξη των πραγμάτων δεν ήταν η αναμενόμενη. Οι Έλληνες είχαν αρχίσει να προχωρούν για να καταλάβουν εδάφη και πέραν των ορίων που όριζε η Συνθήκη των Σεβρών (θέρος του 1920) και ο εθνικισμός των Τούρκων του Μουσταφά Κεμάλ είχε φθάσει στο αποκορύφωμά του. Ας μη λησμονούμε ότι, από πλευράς Τουρκίας, τη Συνθήκη των Σεβρών την είχε υπογράψει ο Σουλτάνος και όχι ο μη δεχόμενος την «Ελλάδα των δύο Ηπείρων και των πέντε Θαλασσών» Μουσταφά Κεμάλ, ο οποίος πολεμούσε επίμονα για να την ανατρέψει.