Στη λυπηρή αυτή κατάσταση περιήλθε (και) η Εκκλησία των διαμαρτυρομένων, η οποία αποσυντίθεται συνεχώς και με γιγάντια βήματα προχωρά στην τέλεια αποσύνθεση· διότι η αρχή, την οποία αυτή αποδέχθηκε, έχει μέσα της το σπέρμα της απομάκρυνσης από το κέντρο. Η Δυτική Εκκλησία, μολονότι θέλησε με το αλάθητο να συγκεντρώσει την Εκκλησία γύρω από τον Πάπα, εντούτοις απέτυχε στον σκοπό της και έφερε τελείως αντίθετα αποτελέσματα· διότι, αν και φαίνεται συγκεντρωμένη, η αποκέντρωση είναι πλήρης· διότι περικλείει, σε διαφορετική μορφή, τα ίδια σπέρματα που περικλείει και η Εκκλησία των διαμαρτυρομένων, και οδηγείται στο ίδιο τέλος· διότι τα άκρα είναι όμοια μεταξύ τους.
Η Δυτική Εκκλησία περιορίζοντας το αλάθητο σε ένα άτομο προχώρησε σε μια στιγμή περισσότερο απ’ όσο η Εκκλησία των διαμαρτυρομένων σε ολόκληρους αιώνες· διότι η Δυτική Εκκλησία σε μια στιγμή προσπέρασε αυτή των διαμαρτυρομένων και έφτασε σε εκείνο το σημείο, όπου η Εκκλησία των διαμαρτυρομένων θα φτάσει μετά από αιώνες. Και ο λόγος είναι ο εξής: Η Δυτική Εκκλησία, αφού της αφαιρέθηκε το αλάθητο, έχασε το κύρος και τη δύναμη ή, να το πούμε καλύτερα, τη φωνή και τη ζωή και κατέληξε από στόμα να γίνει σώμα πιο άφωνο από το ψάρι και όρισε κάποιο μέλος ως κεφαλή της για να έχει τη φωνή και τη ζωή. Αλλά με αυτό δεν κατέληξε η Εκκλησία άτομο; Σε αυτή δεν ομιλεί πλέον το άτομο; Πώς μπορεί να ελέγξει τον διαμαρτυρόμενο για την ελευθερία του ατόμου που διαμορφώνει την πίστη του με βάση το προσωπικό του φρόνημα; Δεν συμβαίνει το ίδιο και σ’ αυτή;
Και η μόνη διαφορά ανάμεσα στα δύο συστήματα είναι η εξής: Στη Δυτική Εκκλησία το άτομο, δηλαδή ο Πάπας, συγκεντρώνει γύρω του πολλά βουβά και ανελεύθερα πρόσωπα που συμμορφώνονται κάθε φορά προς τις αρχές και τις πεποιθήσεις του ατόμου που κατέχει τη θέση του. Ενώ στον Προτεσταντισμό η Εκκλησία συγκεντρώθηκε στο άτομο. Επομένως η Δυτική Εκκλησία είναι άτομο και τίποτε περισσότερο. Ποιος μπορεί να μας εγγυηθεί για την ομοφροσύνη όλων των Παπών; Αφού κάθε Πάπας κρίνει περί του ορθού κατά τη γνώμη του και ερμηνεύει τη Γραφή όπως θέλει και αποφαίνεται όπως το θεωρεί σωστό, σε τι διαφέρει αυτός από τους κάθε είδους δογματιστές της Προτεσταντικής Εκκλησίας; Ποια η διαφορά των αρχόντων; Ίσως ότι στην Εκκλησία των Προτεσταντών το κάθε άτομο αποτελεί μία Εκκλησία, ενώ στη Δυτική όλη η Εκκλησία αποτελεί ένα άτομο, όχι πάντα το ίδιο, αλλά πάντοτε διαφορετικό.
Με το αλάθητο λοιπόν η Δυτική Εκκλησία αποσυντέθηκε, ο δε σύνδεσμος είναι φαινομενικός και συγκρατείται μόνο με τον υφιστάμενο εντός της μηχανισμό. Από την ανακήρυξη του αλάθητου του Πάπα η Δυτική Εκκλησία βρέθηκε σε πολύ κατώτερη θέση από την Εκκλησία των διαμαρτυρομένων. Διότι το σύστημα που καθιερώθηκε σε αυτήν υπολείπεται πολύ από αυτό της Εκκλησίας των διαμαρτυρομένων. Διότι, ενώ σε αυτή ανακηρύχτηκε σεβαστή η ελευθερία του ανθρώπινου πνεύματος, σε εκείνη υπογράφηκε η δουλεία αυτού. Ενώ σε αυτήν ο άνθρωπος αφήνεται ελεύθερος να αποδέχεται ό,τι ο ίδιος καταλαβαίνει, σε εκείνη υποχρεώνεται να ασπάζεται ό,τι δεν καταλαβαίνει αλλά ό,τι του επιβάλλεται.
Με το αλάθητο η Δυτική Εκκλησία έχασε την πνευματική ελευθερία της, έχασε τον στολισμό της, κλονίστηκε συθέμελα και στερήθηκε την άφθονη χάρη του Αγίου Πνεύματος και την παρουσία του Χριστού. Από πνεύμα και ψυχή κατάντησε σώμα άφωνο. Θλιβόμαστε από καρδιάς για την αδικία που έγινε στην Εκκλησία και ευχόμαστε από καρδιάς να φωτίσει το Πνεύμα το Άγιο τον ιερό Ποντίφικα, ώστε να δώσει πίσω στην Εκκλησία ό,τι της αφαίρεσε.
Από το βιβλίο του Αγίου Νεκταρίου «Περί των Ιερών Συνόδων», που το συνέγραψε το 1888, όταν ήταν Αρχιμανδρίτης στην Αλεξάνδρεια (δημοσίευση στο περιοδικό «Ορθόδοξος Φιλόθεος Μαρτυρία» 38-39, Εκδ. Ορθόδοξος Κυψέλη, σ. 42).