Το 1885 αποφασίστηκε η μερική κατεδάφιση και επέκταση του ναού της αγίας Παρασκευής, και το 1889 οι πηγές αναφέρονται σε τελειοποίηση του ήδη ανοικοδομηθέντος ναού. Πάντως το 1891 ο μηχανικός της Ηγεμονίας σε αυτοψία του στο ναό διαπίστωσε ότι δεν είχαν τοποθετηθεί στύλοι για να στηρίζουν το τρούλο, με αποτέλεσμα αυτός να κινδυνεύει σε περίπτωση σεισμού από κατάρρευση.
Το 1894 κατασκευάστηκε ο περίβολος του ναού, κατά το πλείστον με βάση εθελοντική προσωπική εργασία των κατοίκων. Το 1901 εκτελέστηκαν κατεπείγουσες επισκευές στο ναό, δεδομένου ότι είχαν εμφανιστεί ρήγματα στους τοίχους και το κτήριο αντιμετώπιζε σοβαρά στατικά προβλήματα. Πάντως το 1903 εισήχθη ενώπιον των αρχών η διαφορά που είχε προκύψει μεταξύ του αρχιτέκτονα Άγγ. Αγγελίδη και των «εφόρων» της ενορίας, σχετικά με την εκτέλεση ορισμένων εργασιών στο ναό. Το 1909 επισκευάστηκε η στέγη του ναού. Επίσης, το 1888 επισκευάστηκε ο ναός του αγίου Αθανασίου «του μικρού».
Το 1890 αποπερατώθηκε η νέα στέγη του κοιμητηριακού ναού της Παναγίας Μυρτιδιώτισσας, όμως το 1904 αποφασίστηκε η κατεδάφιση του ίδιου ναού και η εκ βάθρων ανέγερσή του. Ωστόσο οι σεισμοί εκείνης της χρονιάς προκάλεσαν μεγάλες βλάβες στο ναό του οσίου Αντωνίου, κι έτσι αποφασίστηκε να αναβληθεί η κατεδάφιση και η ενορία αυτή να εκκλησιάζεται στο ναό του κοιμητηρίου, ως την επισκευή του μεγάλου ναού. Τελικά το 1908 επικυρώθηκε η άδεια κατεδάφισης και εκ βάθρων ανέγερσης του ναού του αγίου Αντωνίου, και το 1909 διορίστηκε η επιτροπή που θα επέβλεπε και θα ήλεγχε την πρόοδο του έργου, και την ίδια χρονιά πραγματοποιήθηκε «κατάληψη οικοπέδου λόγω δημοσίας ανάγκης» δίπλα στο ναό, ώστε να επιτευχθεί η διαπλάτυνσή του με την ευκαιρία της ανοικοδόμησης.
Το 1896 διαπλατύνθηκαν και σιδηροφράχτηκαν τρία παράθυρα στο ναό της Αγίας Τριάδος, και το 1899 ανακαινίστηκε ο νάρθηκας του ναού και επισκευάστηκε ο γυναικωνίτης του. Το 1913 αγοράστηκε καμπάνα για το ναό. Το 1898 αποφασίστηκε η κατεδάφιση και η «ανακαίνιση», δηλαδή η ανοικοδόμηση, του ναού του κοιμητηρίου του χωριού, η τελική δε απόφαση για την εκτέλεση του έργου ελήφθη στα τέλη του 1899. Το 1898 κατασκευάστηκε ο νάρθηκας του ναού της αγίας Κυριακής, ο οποίος στη σχετική απόφαση αναφέρεται ως ενοριακός και επισκευάστηκε το καμπαναριό του ναού του οσίου Αντωνίου. Το 1909 επισκευάστηκε εκ νέου ο ναός της αγίας Κυριακής.
Αξιοσημείωτο είναι έγγραφο του Δημάρχου Μαραθοκάμπου, την άνοιξη του 1901, με το οποίο ανέφερε στον Ηγεμόνα ότι ο Ρωμαιοκαθολικός το θρήσκευμα μηχανικός που είχε εκπονήσει τα σχέδια για την ανακαίνιση των ναών του οσίου Αντωνίου και του προφήτη Ηλία δεν γνώριζε τα ισχύοντα στην Ορθοδοξία, με αποτέλεσμα να σχεδιάσει ναούς «απάδοντας» στο ορθόδοξο συναίσθημα. Ο Δήμαρχος ζήτησε από τον Ηγεμόνα να διατάξει η διοίκηση τον μηχανικό να μελετήσει ξανά τις περιπτώσεις αυτές και να προσαρμόσει στην ορθόδοξη ναοδομία τα σχέδιά του.
Το 1904 αποφασίστηκε η ανέγερση ναΐσκου των αγίων Πάντων στην τοποθεσία Σαλή. Όμως ο Μητροπολίτης Σάμου και Ικαρίας Κωνσταντίνος, που ήταν αντίθετος στην οικοδόμηση του ναού, απαγόρευσε στους ιερείς της περιοχής να παραστούν, να τελέσουν αγιασμό και να ευλογήσουν τον θεμέλιο λίθο, με αποτέλεσμα η Βουλή να απευθυνθεί στον Ηγεμόνα, παρακαλώντας τον να επέμβει για να τον μεταπείσει. Παρά τα εμπόδια, η ανέγερση του ναού συνεχίστηκε, καθώς το 1905 αναφέρεται άδεια εκποίησης εκκλησιαστικών κτημάτων για να ενισχυθεί οικονομικά το έργο. Το 1909 μάλιστα αναφέρεται η οικοδόμηση κελίου κοντά στο ναό και η περιτοίχιση του περιβόλου του. Το 1911 έγιναν έργα μεταφοράς νερού στον χώρο του ξωκλησιού.
Το 1910 αποφασίστηκε από τον Δήμο Μαραθοκάμπου η ανοικοδόμηση ξωκλησιού του προφήτη Ηλία στην κορυφή του Κέρκη, το οποίο κατά το έγγραφο υπήρχε παλαιότερα και είχε ερειπωθεί. Μαζί θα κατασκευαζόταν και κατάλυμα για του προσκυνητές που θα ήθελαν να διανυκτερεύσουν εκεί. Το ξωκλήσι αποφασίστηκε να οικοδομηθεί στην τοποθεσία Μουρτζές, με δαπάνη του Σπυρ. Αιγινήτη.
Αξιοσημείωτη είναι τέλος η περίπτωση του ναού της γυναικείας μονής Κοιμήσεως Θεοτόκου Μαραθοκάμπου, ο ναός της οποίας, κτίσμα Κολλυβάδων, χρειάστηκε να κατεδαφιστεί και να ανοικοδομηθεί, λόγω των μεγάλων ζημιών που είχε υποστεί. Το 1907 εγκρίθηκε το σχέδιο του μηχανικού της Ηγεμονίας Α. Δημητρίου για το υπό ανέγερση καθολικό της μονής και ορίστηκαν ως επίτροποι που θα επέβλεπαν την εκτέλεση του έργου οι Κων. Αγγελινάρας, Μαν. Τζαννετής και Ευστ. Ευσταθίου. Μάλιστα το 1907 η ηγουμένη της μονής Ξένη Δεσποτάκη ζήτησε να μεταβεί εκεί ο μηχανικός της Ηγεμονίας, για να επιλέξει τον ακριβή τόπο ανοικοδόμησης του ναού, λόγω του σαθρού του εδάφους.
Τα στοιχεία αυτά σαφέστατα αποδέχονται συμπλήρωση και εξειδίκευση. Ωστόσο συνιστούν μια βάση για την προώθηση της σχετικής έρευνας, και βεβαίως συμβάλουν στην γνώση μας για την ιστορία και τον πολιτισμό του Μαραθοκάμπου, κατά τον 19ο και τις αρχές του 20ού αιώνα.