Μετά την υπογραφή της συνθήκης του Μούδρου, τον Οκτώβριο του 1918, οι κάτοικοι της Νέας Εφέσου άρχισαν σταδιακά να επανέρχονται στην πατρίδα τους, δεδομένου ότι μέχρι τότε, και μάλιστα μετά από παρεμβάσεις του Μητροπολίτη Φιλαδελφείας Χρυσοστόμου Χατζησταύρου, του μετά ταύτα από Φιλίππων Αρχιεπισκόπου Αθηνών Χρυσοστόμου Β΄, μπορούσαν να μετακινούνται ελεύθερα μόνο προς οικισμούς και χωριά του νομού Αϊδινίου.
Καθώς η επάνοδος των Νεοεφεσίων στην πατρίδα τους είχε σχεδόν ολοκληρωθεί τον χειμώνα του 1918 – 1919, αναζήτησαν τον Αρχιμανδρίτη Θεόφιλο, που βρισκόταν τότε στην Μαγνησία, ως Αρχιερατικός Επίτροπος του Μητροπολίτη Εφέσου Ιωακείμ, ο οποίος έδωσε την κανονική άδεια για την επιστροφή του, μετά από σχετικό αίτημα των κατοίκων της Νέας Εφέσου. Η επάνοδός του υπήρξε θριαμβευτική, μάλιστα έψαλε και δοξολογία στα ερείπια του ναού του αγίου Γεωργίου. Εκεί προσέφερε και πάλι τις πνευματικές, εκκλησιαστικές και εθνικές υπηρεσίες του, κυρίως ως προς το θέμα της ανοικοδόμησης της πόλης και των ναών, που είχαν ερειπωθεί ή καταστραφεί από τα πολεμικά γεγονότα του Α΄ Παγκοσμίου Πολέμου. Και βέβαια, η δράση του αυτή προκάλεσε και πάλι την αντίδραση τόσο των Τούρκων, όσο και των Ιταλών που κατείχαν το γνωστό ως τρίγωνο του ποταμού Μαιάνδρου.
Ο Αρχιμανδρίτης Θεόφιλος, κατά τα γεγονότα της Μικρασιατικής Καταστροφής, τον Σεπτέμβριο του 1922, συνελήφθη από τους Τούρκους και κρατήθηκε αρχικά στις φυλακές της Σμύρνης μαζί με άλλους προκρίτους, όπως ο δημογέροντας της Φιλαδελφείας Γεώργιος Διαμαντόπουλος. Κατά τον Κώστα Βοβολίνη, βασανιζόμενος, «πριν ακόμη εκτελεσθή απεβίωσε, καθ’ ον χρόνον γονυπετής προσηύχετο προς τον Θεόν δια την σωτηρίαν των εν ταις φυλακαίς βασανιζομένων ομογενών».
Ο Κ. Ι. Πτίνης παραθέτει δύο ακόμη εκδοχές σχετικά προς το μαρτυρικό τέλος του. Σύμφωνα με την πρώτη, υπέστη μαρτυρικό θάνατο μετά το μαρτύριο του αγίου Χρυσοστόμου Σμύρνης. Κατά την δεύτερη, έχοντας καταφύγει στη Σμύρνη επικεφαλής ομάδος Νεοεφεσίων συνελήφθη από τους τσέτες, αφέθηκε ελεύθερος λόγω ελλείψεως εναντίον του μαρτυριών, πέθανε όμως δηλητηριασμένος, στο χάνι όπου έμενε, σε ηλικία 45 ετών. Σε κάθε περίπτωση, συγκαταλέγεται στους μάρτυρες κληρικούς του Μικρασιατικού Ελληνισμού.
Το παράδειγμα του Σάμιου εθνομάρτυρα Αρχιμαδρίτη Θεόφιλου Πετσομάνη σηματοδοτεί και το ζήτημα της συμμετοχής του ορθόδοξου κλήρου στα γεγονότα της Μικρασιατικής Καταστροφής. Είτε επέζησαν των γεγονότων είτε όχι, συνδεμένοι με την μικρή κοινότητα που διακονούσαν ή έχοντας αναλάβει ευρύτερο εθναρχικό ρόλο, οι κληρικοί συμμετείχαν ενεργά τόσο στην θεμελίωση του ονείρου, όσο και στην πικρή απογοήτευσή του. Ακολουθώντας το παράδειγμα της εθναρχούσας Εκκλησίας, που είχαν διδαχθεί μέσα στην εκκλησιαστική ζωή και διακονία τους, στήριξαν το ποίμνιό τους, στάθηκαν απέναντι σε κάθε μορφής τυραννία και αλλοτρίωση, και ακολούθησαν την μοίρα των Ρωμηών της Μικράς Ασίας, στη δίνη των γεγονότων των αρχών του 20ού αιώνα.
Και όσοι επέζησαν, πιστοί στις αρχές, τα ιδανικά και την πίστη τους, βρέθηκαν στο πλευρό του προσφυγοποιημένου ποιμνίου τους, και βοήθησαν καθοριστικά την εγκατάστασή του στις νέες πατρίδες, αλλά και την κατά το δυνατόν απάλειψη του πόνου, ώστε να ελαφρυνθούν οι συνέπειες του ξεριζωμού. Γενναίοι και «πιστοί άχρις θανάτου», θυσιαστικοί και υποστηρικτικοί, οι κληρικοί της Ορθοδόξου Εκκλησίας σήκωσαν μεγάλο μέρος του βάρους των γεγονότων, και απάλυναν τον πόνο, τηρώντας και διασώζοντας ταυτοχρόνως την παράδοση του Γένους.
Αποτέλεσαν λοιπόν τον πνευματικό κορμό της αποκατάστασης των προσφύγων και της οργάνωσης μιας νέας ζωής στους τόπους εγκατάστασης, και κράτησαν, αλλά και κρατούν μέχρι σήμερα εν πολλοίς, άσβεστη τη μνήμη των θυμάτων των σφαγών και των πατρίδων που έμειναν πίσω.