Ο «γυναικωνίτης» αποτελεί έναν ιδιαίτερο χώρο εντός του ναού, όπου από την αρχή της κατασκευής του προοριζόταν για τις γυναίκες. Την όλη τάξη εντός του ναού, μεταξύ άλλων, είχαν και οι «θυρωροί» ή «πυλωροί», για τους οποίους μιλήσαμε και παλαιότερα. Αυτοί είχαν την ευθύνη να «ελέγχουν» ποιοι εισέρχονται εντός του ναού, κυρίως εάν κάποιος ήταν αιρετικός και μη ορθόδοξος και φρόντιζαν στη διατήρηση της ευρυθμίας εν γένει εντός του εκκλησιάσματος.
Στην αρχαία εκκλησία ο γυναικωνίτης χωριζόταν με ένα ξύλινο κάγκελο. Αργότερα, όμως, μεταφέρθηκε σε έναν ιδιαίτερο χώρο, όπου υπάρχει μέχρι σήμερα. Στη δυτική πλευρά του ναού και επάνω από την είσοδό του χτιζόταν ένα υπερώο. Αυτό το υπερώο, σε κάποιους ναούς σχημάτιζε ένα «Π», και καταλάμβανε και το αριστερό και το δεξιό κλίτος του ναού. Εκεί, με εσωτερικές σκάλες, ανέβαιναν οι γυναίκες προκειμένου να βρίσκονται ξεχωριστά από τους άνδρες και να αποφεύγονται αφορμές και σχόλια σκανδαλισμού εντός των ακολουθιών.
Επί Τουρκοκρατίας, οι γυναικωνίτες κατέβηκαν και πάλι στο ισόγειο του ναού και χωρίζονταν με διαφράγματα από ξύλα, ένεκα της οικονομικής δυσκολίας που βίωναν οι υπόδουλοι Έλληνες.