Κατά την συζήτηση του κειμένου «Σχέσεις της Ορθόδοξης Εκκλησίας προς τον λοιπό Χριστιανικό κόσμο» οι προτάσεις της Εκκλησίας της Ελλάδος προκάλεσαν έντονες αντιδράσεις. Ο Αρχιεπίσκοπος Αθηνών δεν δέχεται τον όρο «ετερόδοξες Εκκλησίες» και επιμένει να αντικατασταθεί με τον όρο «Χριστιανικές Κοινότητες και Ομολογίες». Η συζήτηση διακόπηκε με σκοπό να ηρεμήσουν τα πνεύματα και θα συνεχιστεί αύριο το πρωί. «Δεν θα κρατήσετε αιχμάλωτη την Αγία και Μεγάλη Σύνοδο» φέρεται να είπε με έντονο ύφος ο Αρχιεπίσκοπος Κύπρου στον Αρχιεπίσκοπο Αθηνών και πάσης Ελλάδος κ. Ιερώνυμο κάτι που ζήτησε ο Αθηνών να διαγραφεί από τα πρακτικά.