Βρίσκεται 7 χιλιόμετρα από την Υπάτη στο δρόμο προς το χωριό Λυχνό, σε υψόμετρο 553 μέτρων δίπλα στον Εθνικό Δρυμό της Οίτης και απέχει από την Λαμία 30 περίπου χιλιόμετρα.
Στη νότια πλευρά της δεσπόζει το παρεκκλήσι με το αγίασμα των Αγίων Αναργύρων. Εντυπωσιακός είναι, επίσης ο νότιος τοίχος με τις ιστορικές ενθυμήσεις για τη Μονή και τις διάφορες λαϊκές απεικονίσεις. Συγκεκριμένα ο επισκέπτης μπορεί να θαυμάσει τις ζωγραφιές της «ημέρας – ήλιου», της «νύκτας – σελήνης», αλλά και των τεσσάρων εποχών, της άνοιξης, του καλοκαιριού, του φθινοπώρου και του χειμώνα. Διάσπαρτοι, επιπλέον, είναι και κάποιοι πρωτοχριστιανικοί κίονες.
Για να μπει κανείς μέσα στη Μονή θα πρέπει να περάσει κάτω από το μεγαλόπρεπο καμπαναριό.
Η βάση του καμπαναριού σχηματίζει μία θολωτή επιβλητική πόρτα, που είναι ταυτόχρονα και η είσοδος στην εσωτερική αυλή του Μοναστηριακού συγκροτήματος.
Στο κέντρο του θόλου δεσπόζει η Μορφή της Παναγίας Αγάθωνης.
Αξιοπρόσεχτα είναι το αρχονταρίκι της Μονής, το Ηγουμενείο, το Επισκοπείο και το παρεκκλήσι των Αγίων Κωνσταντίνου και Ελένης. Στα υπόγεια της βόρειας πλευράς βρίσκονται το μαγειρείο και η κοινή Τράπεζα. Τα κελιά της νοτιοδυτικής πλευράς χρησιμοποιούνται ως ξενώνας για τους προσκυνητές της Μονής.
Στη γωνία που σχηματίζεται από τη νότια και τη δυτική πλευρά έχει διαμορφωθεί μία αίθουσα σε ναΐδριο παλαιοχριστιανικού τύπου προς τιμήν της Αγίας Τριάδας. Εκεί βρίσκονται το Σκευοφυλάκιο και η Βιβλιοθήκη της Μονής. Πρέπει να σημειωθεί ότι όλα τα κτίσματα, εκτός από το Καθολικό της Μονής και το μεγαλόπρεπο Κωδωνοστάσιο, έχουν δημιουργηθεί τα νεότερα χρόνια, χωρίς όμως να αλλοιώνουν την αίσθηση της παλιάς μοναστηριακής αρχιτεκτονικής.
Η προφορική παράδοση αναφέρει πως το παλιό Μοναστήρι, στο οποίο ασκήτεψε ο Όσιος Αγάθωνας και βρισκόταν στα όρια των γειτονικών χωριών Λυχνού και Καστανιάς, έπαθε καθίζηση και ότι η εικόνα της Παναγίας εξαφανίστηκε, για να βρεθεί σε μία φωτόλουστη σπηλιά και εκεί, κοντά στη σημερινή θέση της Μονής, να κτίσει ο Όσιος Αγάθωνας το μοναστήρι, περίπου τον 14ο με 15ο αιώνα.
Η Μονή μετά το θάνατο του Οσίου Αγάθωνα ονομάστηκε από τους μοναχούς, μονή του Αγάθωνα. Ακολουθώντας τις καταστροφές από τους κατά καιρούς επιδρομείς στην περιοχή της Υπάτης, η Ιερά Μονή Αγάθωνος υπέστη και αυτή καταστροφές, με κυριότερη το 1822 από τον Δράμαλη, που πυρπόλησε το καθολικό.
Το 1959 στη νότια πλευρά του ωραίου Καθολικού της ιερής μονής, κατόπιν ανασκαφών, βρέθηκε ο τάφος του οσίου Αγάθωνα και τα λείψανά του τα οποία και φυλάσσονται στην Μονή.
Πρώτος ιστορικός ερευνητής της Ιερής Μονής Αγάθωνος ήταν ο Γ. Λαμπάκης, ο οποίος τοποθετεί το καθολικό στον 15ο ή 16ο αιώνα.
Ξεχωρίζει το μεγαλόπρεπο καθολικό αθωνικού τύπου, σταυροειδής τρούλος, σύνθετος τετρακιόνιος με ενσωματωμένα τέσσερα παρεκκλήσια, ιστορημένο από τα μέσα του 16ου ή το τέλος του 17ου αιώνα.
Στην Μονή Αγάθωνος υπάρχει η θαυματουργή Εικόνα της Παναγίας.
Την εικόνα βρήκε ο Οσιος Αγάθωνας και το χρώµα του προσώπου Της είναι αχνό µαύρο και µάλλον οφείλεται στην φωτιά που έβαλαν οι Τούρκοι στο Μοναστήρι κατά την Επανάσταση του 1821.
Η εικόνα της Παναγίας του Αγάθωνος ανήκει στον τύπο της «Οδηγήτριας».
Σύµφωνα µε την εξέτασή της οι αρχαιολόγοι πιστεύουν πως στα χρόνια του Ηγούµενου Κωνστάντιου ∆ηµητριάδη (1852 – 1856) έγινε κάποια επιδιόρθωσή της, πιθανότατα, στα επόµενα χρόνια να ακολούθησε και μία δεύτερη επιδιόρθωση.
Στη Μονή Αγάθωνος σώζονται επίσης πολλά πολύτιμα αλλά και σημαντικά κειμήλια καθώς και τίμια λείψανα διάφορων Αγίων.
Υπάρχουν επίσης δεκάδες σταυροί, ιερά σκεύη, αρτοφόρια, ιερές εικόνες, άμφια, κώδικες και βιβλία που συλλέχθηκαν από τους ναούς και τις διαλυμένες μονές της περιοχής από τον Ηγούμενο Γερμανό Δημάκο.
Το πιο παλαιό βιβλίο της βιβλιοθήκης της Μονής Αγάθωνα είναι ένα σύγγραμμα του Ιουστίνου, Φιλοσόφου και Μάρτυρα, του 1551 το οποίο είναι δωρεά του Επισκόπου Ζητουνίου, Φιλόθεου προς τη Μονή.
Η προσφορά της Μονής Αγάθωνος στους χρόνους της Ελληνικής επανάστασης του 1821 είναι πολύ μεγάλη και σημαντική.
Για την επιτυχία του αγώνα της Απελευθέρωσης διέθεσε και τους ιδίους τους μοναχούς της, οι οποίοι συστρατεύτηκαν με τους αγωνιστές του Πατρατζικιώτη οπλαρχηγού, Μήτσου Κοντογιάννη και στην περιβόητη και εξαιρετικά κρίσιμη μάχη με τον Δράμαλη πασά θυσιάστηκαν 32 μοναχοί της Μονής.
Στη Μονή γίνονταν τακτικές συγκεντρώσεις των αγωνιστών της Επανάστασης και επίσης λειτούργησε σε αυτό, στα χρόνια της σκλαβιάς, και η περίφημη «Σχολή Αγάθωνος».
Σε αυτή δίδαξαν επιφανείς λόγιοι και μορφωμένοι μοναχοί σε πολλούς μοναχούς, ιερείς, αλλά και κατοίκους της περιοχής.
Η Σχολή, μετά το σεισμό του 1780 που κατέστρεψε το Μοναστήρι, μεταφέρθηκε στην Υπάτη στις πρώτες δεκαετίες του 18ου αιώνα.
Επί δεκαετίες ηγούμενος της Μονής διατέλεσε ο αρχιμανδρίτης Γερμανός Δημάκος, οαγωνιστής της Εθνικής Αντίστασης, ο «παπα – Ανυπόμονος» που ήταν στενός συνεργάτης του Άρη Βελουχιώτη. Ο αείμνηστος Καθηγούμενος Γερμανός (κατά κόσμον Γεώργιος) Δημάκος γεννήθηκε το 1912 στο χωριό Αγρίδιο Βυτίνας Γορτυνίας και χειροτονήθηκε διάκονος το 1934.
Ήταν ο στρατιωτικός ιερέας του Γενικού Στρατηγείου του ΕΛ.Α.Σ. Ανήσυχο πνεύμα, στην κρίσιμη εποχή ανέβηκε στο βουνό, δίπλα στον Άρη Βελουχιώτη. Τότε μέσα στις εκκλησίες ο παπα – Ανυπόμονος όρκιζε τους αντάρτες στο Ευαγγέλιο.
Μετά την απελευθέρωση της χώρας, ο Γερμανός Δημάκος εγκαταστάθηκε στη Μονή Αγάθωνος. Το έργο του εκεί ήταν μεγάλο και εκατοντάδες πιστοί από όλη τη χώρα έσπευδαν στη μονή για να μιλήσουν μαζί του, να τον γνωρίσουν.
Το 2000 η Εκκλησία της Ελλάδος τον βράβευσε, με πρόταση του μακαριστού Αρχιεπισκόπου κυρού Χριστόδουλου, για την αντιστασιακή δράση του και πλήρης ημερών κοιμήθηκε την Τετάρτη 9 Ιουνίου του 2004.
Στην Μονή Αγάθωνος υπάρχει ακόμη ως ιερό κειμήλιο και θησαυρός το άφθαρτο λείψανο του γέροντα Βησσαρίωνα του Αγαθωνίτη και διατηρείτε όπως ακριβώς βρέθηκε κατά την εκταφή του δεκαπέντε χρόνια μετά την κοίμησή του στις 22 Ιανουαρίου του 1991.
Ο επισκέπτης έχει τη δυνατότητα ακόμη να θαυμάσει τον μοναδικό βιότοπο με τα παγόνια, τους φασιανούς, τις πέρδικες, τις πάπιες και διάφορα αλλά είδη πτηνών σε έναν ειδικά διαμορφωμένο χώρο 1200 στρεμμάτων.
Έχει, επίσης, τη δυνατότητα να επισκεφτεί το Μουσείο της Φυσικής Ιστορίας της Μονής, στις αίθουσες του οποίου εκτίθενται τα κυριότερα και σημαντικότερα είδη της πανίδας αλλά και της χλωρίδας του Εθνικού Δρυμού της Οίτης ενώ επίσης μπορεί να επισκεφτεί και το εκτροφείο θηραμάτων της Μονής.
Στην Μονή υπάρχουν η Τιμία Κάρα και τεμάχια ιερών λειψάνων του Οσίου Αγάθωνα κτήτορος της Μονής, η Τιμία Κάρα του αγίου Ιωάννου του Νηστευτή αλλά και πολλά ιερά λείψανα διαφόρων αγίων.
Η Μονή στην οποία υπάρχει ανδρώα μοναχική αδελφότητα γιορτάζει στις 6 Αυγούστου ημέρα εύρεσης της θαυματουργής εικόνας της Παναγίας και την 15η Αυγούστου στην Κοίμηση της Θεοτόκου που είναι αφιερωμένη η Μονή.