Η κοινοβιακή Ιερά Μονή Μεταμορφώσεως του Σωτήρος ιδρύθηκε το 1961 από τον μακαριστό Μητροπολίτη Θεσσαλονίκης (την εποχή εκείνη η Μητρόπολη Θεσσαλονίκης ήταν ενιαία) Παντελεήμονα τον Α’ (Παπαγεωργίου), ο οποίος και εγκαινίασε τον Ιερό Ναό της Μονής το 1962.
Τα πρώτα χρόνια στο χώρο του Μοναστηρι.ού λειτουργούσαν οι μαθητικές κατασκηνώσεις της Ιεράς Μητροπόλεως Θεσσαλονίκης
Αξίζει να σημειωθεί ότι στον τόπο αυτό, τον ιστορικό Χορτιάτη -τον Κισσό των Βυζαντινών- υπήρχε ένα μεγάλο μοναστικό κέντρο, πιθανότατα μετόχι της Μονής Χριστού Παντοκράτορος της Κωνσταντινουπόλεως, όπου έζησαν και αγίασαν ανώνυμοι άγιοι. Το μοναστικό αυτό κέντρο έπαψε να υπάρχει στα τέλη του 14ου αιώνα.
Πέντε αιώνες αργότερα, στον ίδιο περίπου τόπο, έμελλε να ιδρυθεί πάλι ένα νέο Μοναστήρι, αυτό της θείας Μεταμορφώσεως του Σωτήρος Χριστού, το οποίο το 1976, δεκαπέντε χρόνια μετά την ίδρυση του, μετατρέπεται από ανδρικό σε γυναικείο.
Σταθμό στην ιστορική διαδρομή της Ιεράς Μονής αποτέλεσε η απόφαση, το 1979, της Ιεράς Συνόδου, σύμφωνα με την οποία το Μοναστήρι περιερχόταν στην πνευματική δικαιοδοσία της (νεοσύστατης τότε) Ιεράς Μητροπόλεως Νεαπόλεως και Σταυρουπόλεως.
Ακολουθεί μια εικοσαετία, που, όπως την περιγράφει ο τότε Σεβασμιώτατος Μητροπολίτης Νεαπόλεως και Σταυρουπόλεως Διονύσιος κατά την ομιλία του στα εγκαίνια του νέου Καθολικού της Μονής στις 5 Σεπτεμβρίου 1999, ήταν γεμάτη «κόπους, αγωνίες, προσευχές, παρακλήσεις, δυσκολίες, αλλά και ευλογίες του Θεού».
Ανάμεσα στις δοκιμασίες του Μοναστηριού ήταν ο σεισμός του 1978 και η μεγάλη πυρκαγιά του 1999, που κατέστρεψε ολοσχερώς το Ηγουμενείο με τη Βιβλιοθήκη, το Αρχείο της Ιεράς Μονής (με μόνη εξαίρεση την πρώτη σελίδα του μοναχολογίου και ελάχιστα πρακτικά του ηγουμενοσυμβουλίου), τις αργυρές λειψανοθήκες, -χωρίς όμως να καούν τα ιερά λείψανα!-, το Παρεκκλήσιο της Αγίας Τριάδος, κελιά και κοινόχρηστους χώρους.
