Αν και η επίσημη αναφορά σε χειρόγραφα για την ύπαρξη του μοναστηριού γίνεται στα 1825 ως «Μονή Μεταμορφώσεως Βιλιόβου» ή «Βιλιβούς», θεωρείται ότι λειτουργούσε πολύ νωρίτερα, κατά την περίοδο της τουρκοκρατίας, μόλις 4 χλμ. έξω από την πόλη των Λιβανατών. Ιδρύθηκε αρχικά ως ανδρικό ενώ αργότερα, μετά την επανασύσταση του, λειτούργησε ως γυναικείο. Τα λείψανα αγίων που βρίσκονταν στο Μοναστήρι ήταν αυτά των: Χαραλάμπους, Στυλιανού, Μεγαλομάρτυρος Ειρήνης, Μεγαλομάρτυρος Μαρίνης, Οσίου Δαβίδ και Μάρτυρος Ιουστίνης.
Αποτέλεσε σημείο αναφοράς παράδοσης και πίστης κατά τα χρόνια της τουρκοκρατίας με δεκάδες καλόγερους, οι οποίοι προσέφεραν προστασία και περίθαλψη στους αγωνιστές της επανάστασης. Τον Απρίλιο του 1825 ο Οδυσσέας Ανδρούτσος, ο οποίος καταγόταν από την περιοχή, εξαιτίας των συγκρούσεων του με τους Έλληνες πολιτικούς βρίσκει καταφύγιο στο μοναστήρι της «Βιλιβούς». Εκεί ύστερα από πολιορκία παραδόθηκαν τα αδέλφια του και οι 70 άνδρες του στον Ι. Γκούρα, ενώ ο ίδιος αρχικά ξέφυγε της σύλληψης. Το μοναστήρι το 1826 κατελήφθη και μετετράπη σε οχυρό από μακεδόνες αγωνιστές λίγο πριν προχωρήσουν στην απελευθέρωση της Αταλάντης.
Το 1834 όσα μοναστήρια στην περιοχή δεν είχαν αρκετούς μοναχούς για τη λειτουργία τους διατάχθηκε η διάλυση τους. Ανάμεσα σε αυτά υπήρξε και το μοναστήρι Μεταμορφώσεως του Σωτήρος στις Λιβανάτες. Η διάλυση του σήμαινε την εκποίηση και παραχώρηση της περιούσιας (καλλιεργήσιμη γη, οικίες, μύλοι κλπ) στο ελληνικό δημόσιο.
Τα ιερά σκεύη και κειμήλια της μονής είτε πωλήθηκαν είτε μεταφέρθηκαν στο μοναστήρι του Αγίου Γεωργίου Μαλεσίνας που δε διασπάστηκε ή στην Επισκοπή Λοκρίδος.
Σχεδόν μια δεκαετία αργότερα, το 1846 ο δήμος Δαφνουσίων απευθύνει αίτηση επαναλειτουργίας του μοναστηριού προς τη Βουλή των Ελλήνων. Τα κυριότερα επιχειρήματα για την επανίδρυση που αναφέρονταν στην πράξη του δημοτικού συμβουλίου ήταν: δεν απαιτούταν καμία επιπλέον συνδρομή από το ελληνικό κράτος κατά τη διαδικασία της επανασύστασης. Αντίθετα η επαναλειτουργία της μονής θα σήμαινε έσοδα για το ελληνικό δημόσιο που θα προέκυπταν από την καλλιέργεια των εδαφών.
Επίσης ο θρησκευτικός ζήλος των κατοίκων θα εκφραζόταν με την προσφορά ζωντανών και σπόρων σιταριού για την εκμετάλλευση της αγροτικής γης. Τέλος επεσήμανε το ενδιαφέρον μοναχών για μόνιμη εγκατάσταση και επάνδρωση του μοναστηριού. Η προσπάθεια αυτή του δήμου δεν απέδωσε.
Η εικόνα του μοναστηρίου «Μεταμορφώσεως του Σωτήρος» χρονολογείται περί τα μέσα του 19ου αιώνα και γιορτάζει στις 6 Αυγούστου.