Όπως αναφέρει ο Μητροπολίτης Μεσσηνίας Χρυσόστομος για το ζήτημα της βάπτισης των παιδιών των ομόφυλων ζευγαριών, «είναι εισαγωγικό μυστήριο και δεν μπορούμε να το αρνηθούμε σε κανέναν. Διαμορφώνεται η εικόνα ενός ιδιότυπου “κανονικού επιτίμου” προς τα παιδιά».
Σύμφωνα με τον ίδιο, για το θέμα αυτό «θα πρέπει να ληφθεί συνοδική απόφαση».
Πιο αναλυτικά, η δήλωσή του έχει ως εξής:
«Πρόκειται για προσωπική άποψη του Αρχιεπισκόπου που δεν εκφράζει την ιεραρχία. Για το θέμα δεν έχει τοποθετηθεί η επιτροπή Νομοκανονικών όπως συζητήσαμε στην Ιερά Συνόδο. Δεν μπορεί να προκαταλαμβάνεται η Ιεραρχία, που έχει τον τελικό λόγο, και εκκρεμεί απόφασή της για το συγκεκριμένο ζήτημα.
Η βάπτιση είναι εισαγωγικό μυστήριο και δεν μπορούμε να το αρνηθούμε σε κανέναν. Διαμορφώνεται εικόνα ενός ιδιοτυπου “κανονικού επιτίμιου” προς τα παιδιά. Ότι, δηλαδή, επειδή οι γονείς είναι αυτοί που είναι, θα το πληρώσουν τα παιδιά. Και γιατι ακριβώς μιλάμε; Για κατάργηση του νηπιοβαπτισμού και αντικατάστασή του από ενήλικη βάπτιση; Θα πρέπει να ληφθεί συνοδική απόφαση για να γίνει κάτι τέτοιο.
Ο νηπιοβαπτισμός είναι παράδοση που εφαρμόζεται από τον 9ο αιώνα. Έχει σαφείς θεολογικές προεκτάσεις καθώς σηματοδοτεί την υποδοχή στο Σώμα της Εκκλησίας. Δεν μπορεί να ανατραπεί έτσι απλά. Μόνο με μια συνοδική απόφαση θα μπορούσε να καταργηθεί ο νηπιοβαπτισμός».