Είναι κτισμένη σε μια μικρή εδαφική ανύψωση, στη δεξιά πλευρά της κοίτης του Χαβγά απέναντι από τον Αγ. Κωνσταντίνο, και απέχει από το Ηράκλειο 57,9 χλμ. και από τον Αγ. Νικόλαο 40,9 χλμ. Θεωρείται το θρησκευτικό κέντρο του Οροπεδίου Λασιθίου και το κέντρο συνάντησης των κατοίκων, όταν πρόκειται να συζητήσουν θέματα γενικότερου ενδιαφέροντος.
Πότε ιδρύθηκε η μονή δεν είναι γνωστό. Ορισμένες φιλολογικές μαρτυρίες κάνουν λόγο για ύπαρξη της μονής τον 13ο αιώνα, οπότε η ίδρυσή της θα πρέπει να τοποθετηθεί στην Β’ Βυζαντινή περίοδο. Δυστυχώς, οι μαρτυρίες αυτές δεν επιβεβαιώνονται από άλλες πηγές και η εξ αυτών χρονολόγηση δεν είναι βέβαιη.
Η δεύτερη χρονολόγηση βασίζεται στο γεγονός ότι κατά την διανομή χωραφιών του Λασιθίου σε Πελοποννήσιους πρόσφυγες το 1543, εκτός των άλλω,ν δικαιούχοι ήταν και οι αδελφές Θεοκλήτη και Παλαντία Ντανασή που αναλάμβαναν την υποχρέωση να ιδρύσουν στο Λασίθι δύο μονές, της Αγ. Μαρίνας και της Παναγίας αντίστοιχα. Γνωρίζουμε λοιπόν ότι η Θεοκλήτη ίδρυσε την μονή της Αγ. Πελαγίας στην Αλεξαίνα. Είναι επίσης βέβαιο ότι και η Παλαντία ίδρυσε την μονή της Παναγίας ή ενδεχομένως να ανακαίνισε μια παλαιά, αφού 40 χρόνια αργότερα ίσχυε η παραχώρηση των χωραφιών, είναι πολύ πιθανόν η Μονή που ίδρυσε Παλαντία να είναι η μονή Κρουσταλλένιας, η οποία θα πρέπει να ιδρύθηκε στα μέσα του 16ου αιώνα. Την άποψη αυτή έρχεται να ενισχύσει η ύπαρξη ενός αρχιτεκτονικού στοιχείου που βρίσκεται στην μονή.
Πρόκειται για ένα λιθόγλυπτο αγιο-θύριδο που υπήρχε παλαιότερα στον φεγγίτη του Ιερού και αφαιρέθηκε προπολεμικά κατά τις εργασίες ανακαίνισης του ναού, για να διευκολύνεται ο αερισμός του Αγίου Βήματος.
Η μονή έπαιξε σημαντικό ρόλο σ’ όλα τα γεγονότα της περιόδου της Τουρκοκρατίας. Στήριξε την ομάδα των Χαΐνηδων του Καζανομανώλη που είχαν το λημέρι τους στην Αλοΐδα κοντό στο μετόχι της, στους Αγ. Αποστόλους. Ήταν το κέντρο συνάντησης των καπεταναίων της περιοχής και οι ηγούμενοι της μετείχαν στις συσκέψεις για λήψη αποφάσεων και αποτελούσαν μέλη τοπικών αντιπροσωπειών σε παγκρήτιες ή τοπικές συναντήσεις.
Στην Κρουσταλλένια κατέληγαν και εκεί φιλοξενούνταν συχνά ξένοι περιηγητές και επισκέπτες, όπως ο Siber τοέτος 1817, στον οποίο οι πιο ηλικιωμένοι καλόγεροι είπαν ότι κανείς Ευρωπαίος ή φραγκος δεν έχει ανεβεί στο Λασίθι τα τελευταία 27 χρόνια, δηλαδή από το 1790. Ο Fabreguettes, το 1834, ο οποίος διαπίστωσε ότι οι μοναχοί δεν είχαν κατορθώσει να επανορθώσουν ούτε μερικές από τις καταστροφές του Χασάν πασά το 1823, ο Raulinl κλπ.