Ταυτόχρονα, με αφορμή την παρουσία του στη σκήτη έστειλε μήνυμα κατά της «αιρέσεως του εθνοφυλετισμού», σημειώνοντας τον διαχρονικό αγώνα του Οικουμενικού Πατριαρχείου για υπεράσπιση της διαφύλαξης από αυτόν και της ανεξαρτησίας του ‘Αθωνα.
Απευθυνόμενος προς τους μοναχούς και συγχαίροντας για το μοναστικό τους ήθος της τη συνοδεία που πλαισιώνει τη σκήτη, ο κ. Βαρθολομαίος έστειλε ένα μήνυμα κατά της «αιρέσεως του εθνοφυλετισμού», τονίζοντας ότι διαχρονικά το Οικουμενικό Πατριαρχείο αγωνιζόταν απέναντι σε τέτοια φαινόμενα, ανάλογα των οποίων επιχειρήθηκε να εμφανιστούν στο ιστορικό παρελθόν και με επίκεντρο τη μονή.
«Δεν θα πρέπει να λησμονείται ότι η Σκήτη αύτη, του Αγίου Ανδρέου υπήρξε πεδίο συγκρούσεως της κανονικής παραδόσεως, με την προσπάθεια εθνικοποιήσεως του αγιώνυμου Όρους, και της χρησιμοποιήσεως του, ως θέσεως προκαλύψεως, δια την εξυπηρέτηση μεγαλοϊδεατισμών και οθνείων προς την μοναχική πολιτεία, σκοπών και επιδιώξεων» είπε ο κ. Βαρθολομαίος και πρόσθεσε:
«Η καθ υμάς Αγία του Χριστού Μεγάλη Εκκλησία, υπό την κανονική προστασία και μέριμνα της οποίας ευρίσκεται επί τόσους αιώνες το Αγιώνυμο τούτο περιβόλιον της Κυρίας Θεοτόκου έδωκεν αιματηρούς αγώνας δια την προάσπισην της ανεξαρτησίας και την διαφύλαξη του από την αίρεση του εθνοφυλετισμού, η οποία εβρίσκετο εις πλήρη ακμή κατ εκείνην την εποχή και δυστυχώς θάλλει και επί των ημερών μας εις κύκλους τινά. Και ο νοών νοείτω».
Ο κ. Βαρθολομαίος, αναφερόμενος στο μοναστικό ιδεώδες, τόνισε ο Ορθόδοξος μοναχισμός, ο οποίος βιώνεται «λατρευτικός και δοξολογικώς», μέσω της καλλιέργειας των αρετών της υπακοής, της παρθενίας και της ακτημοσύνης, «ουδόλως συνάδει προς την περιπλοκήν των μοναχών εις ματαίας και κοσμικάς υποθέσεις» και συνέχισε :
«Πολλώ δε μάλλον όταν αύται συνιστούν αναίρεσιν της ιεροκανονικής διασπονδυλώσεως και συγκροτήσεως της Εκκλησίας. Οι μοναχοί δεν είναι υπεράνω της Εκκλησίας, ή παρά τη Εκκλησία, αλλά εν τη Εκκλησία και μάλιστα ως επίλεκτον σύνταγμα αυτής. Η Μήτηρ Εκκλησία της Κωνσταντινουπόλεως εγκαυχάται εν Κυρίω δια την ευπείθειαν, την αφοσίωσιν και το εκκλησιαστικό ήθος πάντων των Αγιορειτών Πατέρων».