Η Έκθεση στεγάζεται στον ναό του Αγίου Φραγκίσκου, καθολικό της μονής του τάγματος των Φραγκισκανών μοναχών, ο οποίος αναστηλώθηκε την περίοδο 2003-2005 με χρηματοδότηση από το Γ΄ ΚΠΣ.
Βρίσκεται δίπλα από την πλατεία Μικρασιατών και η έκθεση περιλαμβάνει ένα μικρό δείγμα του αρχαιολογικού και ιστορικού πλούτου του Ρεθύμνου, πολλά νέα ευρήματα τα οποία εκτίθενται για πρώτη φορά όπως επίσης τα εκθέματα των Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών χρόνων, καθώς επίσης και εκθέματα από την Αρχαία Ελεύθερνα.
Ο ιστορικός πλούτος της προσωρινής έκθεσης του αρχαιολογικού μουσείου ξεκινάει από το ίδιο το κτήριο το οποίο φιλοξενεί την έκθεση, το καθολικό της μονής του Αγίου Φραγκίσκου που αποτελούσε μια από τις πιο σημαντικές καθολικές μονές την περίοδο της Βενετοκρατίας.
Όπως ανέφερε η αρχαιολόγος κ. Πετρούλα Βαρθαλίτου το τάγμα των Φραγκισκανών μοναχών είχε πολύ σημαντικό ρόλο στην Κρήτη. «Μονές του Αγίου Φραγκίσκου είχαν ιδρυθεί σε όλες τις μεγάλες πόλεις και στον Χάνδακα που ήταν η πρωτεύουσα του νησιού και στα Χανιά επίσης. Για τη μονή του Ρεθύμνου δεν έχουμε πάρα πολλές πληροφορίες. Θεωρούμε ότι πρέπει να ιδρύθηκε μέσα στην πόλη γύρω στο 1530 από την οικογένεια των Μπαρότσι. Βέβαια το κτίσμα που σώζεται σήμερα και φιλοξενεί την έκθεση δεν είναι όλος ο ναός, είναι ένα μικρό τμήμα του, ο κύριος ναός.
Το ανατολικό τμήμα του που είναι τα ιερά και το εγκάρσιο κλίτος αυτή τη στιγμή έχουν σχεδόν καταστραφεί και ένα τμήμα τους έχει καταληφθεί από τα καταστήματα που βρίσκονται επί της οδού Εθνικής Αντιστάσεως. Επίσης τα κελιά των μοναχών δεν υπάρχουν. Αυτά πρέπει να εκτείνονταν στην περιοχή λίγο δυτικότερα προς την οδό Γοβατζιδάκη και Παπαμιχελάκη. Παρ’ όλα αυτά ξέρουμε ότι ήταν ένα μεγάλο μοναστήρι στο οποίο υπήρχαν γύρω στους οκτώ με δέκα μοναχούς και ήταν ένα μοναστήρι στο οποίο ερχόντουσαν όχι μόνο οι Καθολικοί της πόλης του Ρεθύμνου αλλά και οι Ορθόδοξοι, γιατί ο Άγιος Φραγκίσκος ήταν ένας πολύ αγαπητός Άγιος στον κόσμο, ήταν ο Άγιος της ελεημοσύνης, της αγάπης για τους φτωχούς και τους αδύναμους και έτσι πολλοί ορθόδοξοι ερχόταν εδώ είτε για να ζητήσουν βοήθεια είτε για να προσφέρουν την ελεημοσύνη τους για τους άλλους.
Δυστυχώς το μοναστήρι καταστράφηκε με την κατάκτηση της Κρήτης από τους Οθωμανούς το 1646, όταν κατακτήθηκε το Ρέθυμνο από τους Οθωμανούς, σταμάτησε να λειτουργεί πλέον ως μοναστήρι και εγκαταλείφθηκε. Είχε την τύχη να μην καταστραφεί τελείως και να μην μετατραπεί σε τζαμί. Έγινε Ιμαρέτ. Ένα επαιτικό ίδρυμα στο οποίο φιλοξενούνταν οι φτωχοί και έπαιρναν τα συσσίτιά τους. Τον ίδιο ρόλο που είχε δηλαδή στη Βενετική περίοδο συνέχισε να έχει και στην Οθωμανική. Μετά από πολλά χρόνια βέβαια σταμάτησε και αυτή η λειτουργία του, η περιοχή άλλαξε χαρακτήρα, χτίστηκαν πολλά σπίτια γύρω και μόνο μετά από το 1970 όταν έγιναν κάποιες απαλλοτριώσεις άρχισε να αποκαλύπτεται πάλι ο Βενετσιάνικος ναός. Ελπίζουμε ότι μελλοντικά θα αποκατασταθεί ολόκληρος μαζί με τα παρεκκλήσια του» υπογράμμισε η κ. Βαρθαλίτου.
Τα εγκαίνια της Προσωρινής Έκθεσης του Αρχαιολογικού Μουσείου Ρεθύμνου θα πραγματοποιηθούν τη Δευτέρα 8 Αυγούστου και ώρα 20.00 μ.μ. από τον Υπουργό Πολιτισμού και Αθλητισμού κ. Αριστείδη Μπαλτά. Κατά την τελετή των εγκαινίων τον Αγιασμό θα τελέσει ο Μητροπολίτης Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου Ευγένιος.