Η στιγμή της παράκλησης στο Ναό της Παρηγορήτισσας είναι ιστορική και συγκινητική ταυτόχρονα για την Άρτα, καθώς ο περικαλλής Ναός που αποτελεί το στολίδι της πόλης και καθημερινά δέχεται προσκυνητές και επισκέπτες από όλη τη χώρα και το εξωτερικό.
Ο ναός παραμένει ανενεργός όσον αφορά τις λατρευτικές εκδηλώσεις. Κατόπιν ειδικής αδείας από την τοπική Εφορεία Αρχαιοτήτων λειτουργεί την ημέρα της Πανηγύρεως (25 Μαρτίου) και κάποιες ημέρες της Μεγάλης Εβδομάδος.
Ο κόσμος μπορεί να τον επισκέπτεται καθημερινά ως μουσειακό χώρο, χωρίς να μπορεί να ασκεί τα θρησκευτικά του καθήκοντα (άναμμα κεριού, καντηλιών, τέλεση Ακολουθιών). Πιστεύουμε και ευχόμαστε δια των πρεσβειών της Υπεραγίας Θεοτόκου της Παρηγορήτισσας ο Ναός της να αποδοθεί σύντομα στην Ιερά Μητρόπολη, ώστε να καταστεί λειτουργικός (όπως ο Βυζαντινός Ναός της Αγίας Θεοδώρας), ως αρμόζει σε κάθε Ορθόδοξο Ιερό Ναό. Η Ακολουθία της Παρακλήσεως θα τελείται πλέον κάθε Τετάρτη στις 11 το πρωί.
Ο ναός και το όνομα της Παρηγορήτισσας τυλίγεται από έναν εξαιρετικά όμορφο λαϊκό θρύλο: Ο πρωτομάστορας που έκτιζε το ναό ήταν φημισμένος και γι’ αυτό περιζήτητος τεχνίτης. Κατά το κτίσιμο του ναού, λοιπόν, χρειάστηκε να λείψει μακριά για πολύ καιρό, καθώς τον είχαν καλέσει για να βγάλει τα σχέδια κάποιας άλλης εκκλησίας, και άφησε στο πόδι του τον βοηθό του. Εκείνος πανέξυπνος, άλλαξε τα σχέδια και η εκκλησία έγινε ασύγκριτα ωραιότερη από ότι είχε αρχικά σχεδιαστεί. Όταν ο πρωτομάστορας γύρισε και είδε το αποτέλεσμα, έσκασε από την ζήλια του. Για να τιμωρήσει τον βοηθό του για την πρωτοβουλία που πήρε, τον κάλεσε στην στέγη για να του δείξει κάποιο λάθος του και τον έσπρωξε από εκεί. Καθώς έπεφτε ο κάλφας όμως πιάστηκε από τον πρωτομάστορα και τον παρέσυρε και εκείνον στην πτώση. Ο λαός πιστεύει ότι τα κουφάρια και των δύο απολιθώθηκαν και σώζονται στο πίσω μέρος της εκκλησίας δύο κοκκινωπές πέτρες. Η Παναγία φανερώθηκε στην μάνα του κάλφα για να την παρηγορήσει για τον άδικο χαμό του γιου της. Έτσι πήρε και ο ναός το όνομά του.