Η περίπτωση της Κρήτης ενδιαφέρει ιδιαίτερα το Οικουμενικό Πατριαρχείο, αφού είναι μία περιοχή, η οποία λειτουργεί αυτόνομα σε σχέση με την Εκκλησία της Ελλάδος, έχει επιρροή και σε άλλες περιοχές και είναι πάντα δίπλα στις επιλογές του Φαναρίου.
Σήμερα η Εκκλησία της Κρήτης απαρτίζεται από την Ιερά Αρχιεπισκοπή Κρήτης και οκτώ Ιερές Μητροπόλεις. Ανώτερη εκκλησιαστική διοικητική Αρχή της Κρήτης είναι η Ιερά Επαρχιακή Σύνοδος της Εκκλησίας Κρήτης, που εδρεύει στο Ηράκλειο της οποίας πρόεδρος είναι ο Αρχιεπίσκοπος Κρήτης και μέλη οι Μητροπολίτες Κρήτης.
Ο Αρχιεπίσκοπος Κρήτης, εκλέγεται από την Αγία και Ιερά Σύνοδο του Οικουμενικού Πατριαρχείου μεταξύ τριών Μητροπολιτών, τους οποίους έχει υποδείξει μέσω εκλογής η Ιερά Επαρχιακή Σύνοδος της Εκκλησίας Κρήτη. Η Ιερά Επαρχιακή Σύνοδος των Μητροπολιτών της Κρήτης αποφασίζει επίσης αυτόνομα για τα υπόλοιπα θέματα της Εκκλησίας Κρήτης. Εκτός από τον Αρχιεπίσκοπο, οι υπόλοιποι Μητροπολίτες εκλέγονται και αυτοί από την Επαρχιακή Σύνοδο.
Ο Καταστατικός Χάρτης της Εκκλησίας Κρήτης έγινε νόμος του ελληνικού κράτους το 1961. Συγκεκριμένα, η σημερινή διοικητική της μορφή υφίσταται σχεδόν αναλλοίωτη από το 1900, όπως είχε διαμορφωθεί από την εποχή του βιλαετίου της Κρήτης και συμπληρώθηκε επί Κρητικής Πολιτείας, ενώ τελευταίες τροποποιήσεις έγιναν με τον νόμο 4149/1961, ο οποίος κύρωσε και τον καταστατικό της χάρτη.
Από το 1962 με πράξη της Αγίας και Ιεράς Συνόδου του Οικουμενικού Πατριαρχείου οι Επίσκοποι της Εκκλησίας Κρήτης έλαβαν τον τίτλο του Μητροπολίτη τιμής ένεκεν, ενώ το 1967 με όμοιο τρόπο ο Μητροπολίτης Κρήτης έλαβε τον τίτλο του Αρχιεπισκόπου τιμής Ένεκεν. Στις 9 Μαρτίου 1993 εκδόθηκε Πατριαρχικός Τόμος απο την Αγίας και Ιεράς Συνόδου του Οικουμενικού Πατριαρχείου που ανακηρύσσει σε εν ενεργεία Μητροπόλεις τις μέχρι τότε «τιμής ένεκεν» Ιερές Μητροπόλεις της Κρήτης και προσδίδει στους Μητροπολίτες της νήσου τον τίτλο «Υπέρτιμος και Έξαρχος».
Aπό τότε επι της ουσίας η Εκκλησία του νησιού έχει αποκτήσει και τη δική της φωνή στο Οικουμενικό Πατριαρχείο καθώς λειτουργεί σε καθεστώς ημιαυτονομίας. Εντός των ελληνικών συνόρων, μετά τις μητροπόλεις της Δωδεκανήσου που υπάγονται απευθείας στο Φανάρι ,η Κρήτη είναι η δεύτερη περιοχή που ακολουθεί τη «γραμμή» του Οικουμενικού Πατριαρχείου , ταυτίζεται με τις θέσεις του σε διεθνές επίπεδο και ταυτόχρονα εκφράζει τις απόψεις του Πατριάρχη στην εκάστοτε κυβέρνηση της Αθήνας , ,χωρίς απαραίτητα αυτές σε συμφωνούν με αυτές τις Ελλαδικής Εκκλησίας.
Η Εκκλησία της Κρήτης σε αντίθεση με τις Νέες Χώρες, στην ουσία αποτελεί έδαφος του Φαναρίου και για τον λόγο αυτό ο νέος αρχιεπίσκοπος θα πρέπει να αποδέχεται αυτό το καθεστώς και να μην εμπλέκεται σε αμφισβητήσεις που θα τραυματίσουν την ενότητα του ποιμνίου του Πατριαρχείου.
Πριν από δύο χρόνια ο κ.Βαρθολομαίος εξέλεξε επισκόπους τους ηγούμενους των Σταυροπηγιακών μονών Κυρίαςτων Αγγέλων Γουβερνέτου και Αγίας Τριάδος Τζαγκαρόλων.Οι κ.Ειρηναίος και Δαμασκηνός έλαβαν τον τίτλο των επισκόπων Ευμενείας και Δορυλαίου. Η κίνηση αυτή του Βαρθολομαίου σε άλλες περιοχές θα σήμαινε «πόλεμος» ,στην περίπτωση όμως της Κρήτης θεωρήθηκε ως μια φυσιολογική εξέλιξη Ανεξάρτητα από αυτά η Εκκλησία της Κρήτης ήταν αυτή που σήκωσε το βάρος της Πανορθοδόξου Συνόδου που έγινε στο Κολυμπάρι το 2016 παρά τις εντάσεις και τις διαφωνίες που υπήρξαν από πολλές Εκκλησίες με πρώτη τη Μόσχα.
Η Αθήνα τότε δεν μπορούσε να φιλοξενήσει τη Σύνοδο ,το Σαμπεζύ στη Γενεύη δεν ήταν σε αμιγώς ορθόδοξη χώρα με αποτέλεσμα η Κρήτη να επιλεγεί ως έδαφος του Πατριαρχείου αλλά και ως μία περιοχή που δεν προκαλούσε αντιπαλότητες.
Φωτογραφία αρχείου