Ο π. Αυγουστίνος τόνισε αρχικά ότι υπάρχει η λανθασμένη αντίληψη σε ορισμένους κύκλους πως η Εκκλησία ήταν απούσα στα χρόνια της Γερμανικής Κατοχής ή ακόμη και ότι συνεργάστηκε με τους κατακτητές. Η ιστορική αλήθεια όμως αποδεικνύει το αντίθετο. Η Εκκλησία της Ελλάδος αντιστάθηκε από την πρώτη μέχρι και την τελευταία μέρα της Κατοχής.
Η αρχή έγινε από τον Αρχιεπίσκοπο Αθηνών Χρύσανθο, ο οποίος αρνήθηκε την συμμετοχή στην επιτροπή παραδόσεως της πρωτεύουσας στους Γερμανούς δηλώνοντας ότι καθήκον του είναι η απελευθέρωση του λαού του. Αυτό είχε ως αποτέλεσμα την έκπτωσή του. Στην συνέχεια ο Αρχιεπίσκοπος Δαμασκηνός αντέδρασε σθεναρά στην σχέδιο των κατακτητών να κηρύξουν πολιτική επιστράτευση και τελικά κατόρθωσε να την αποτρέψει. Στην πραγματικότητα όλος ο ιερός κλήρος συνδεδεμένος άρρηκτα με τον λαό πραγματοποίησε την δική του αντίσταση που εκφράστηκε με τρεις τρόπους:
1. Με τις αντιστασιακές ενέργειες, όπως ενδεικτικά στα μοναστήρια της Κρήτης (Ι. Μονές Αρκαδίου, Πρέβελη, Τοπλού κ.ά.), του Αγ. Όρους (Ι.Μ. Ιβήρων, Βατοπαιδίου κ.ά.), τα οποία αναδείχθηκαν κέντρα αντίστασης, προστασίας και φυγάδευσης των ελλήνων και ξένων αγωνιστών. Ελάχιστα επίσης γνωστό είναι το γεγονός ότι στην ανατίναξη της γέφυρας του Γοργοπόταμου πρωταγωνίστησε ένας ιερέας, ο π. Σπυρίδων Ζαφείρης. Επίσης μέσω του ιερού άμβωνος στηλιτεύτηκαν επικίνδυνες αποσχιστικές τάσεις και αναζωπυρώθηκε το φρόνημα του λαού και η επιθυμία για ελευθερία.
2. Με τις προσπάθειες σωτηρίας του ελληνικού λαού. Όπως στην σημερινή κρίση βλέπουμε την Εκκλησία να πρωταγωνιστεί στον τομέα αυτό μέσω του φιλανθρωπικού έργου της, έτσι και τότε, αυτή κυρίως φρόντιζε για την διατροφή και την περίθαλψη του λαού μέσα από συσσίτια και άλλες δράσεις (νοσοκομεία, ορφανοτροφεία κ.λπ.) σε όλη την επικράτεια. Μόνο στην πόλη της Κοζάνης λειτουργούσε συσσίτιο για 8500 ανθρώπους, με την φροντίδα του Αρχιμ. Αυγουστίνου Καντιώτη (μετέπειτα Μητροπολίτου Φλωρίνης).
3. Με την θυσία αίματος. Κατά την περίοδο της Κατοχής καταστράφηκαν 501 ιεροί ναοί, ενώ εκτελέστηκαν 190 ιερείς.
Στο ερώτημα πού βρήκαν όλοι αυτοί οι κληρικοί το σθένος, η απάντηση βρίσκεται στο αντιστασιακό φρόνημα, το οποίο καλλιέργησαν σε αυτούς τα παραδείγματα των αγίων μαρτύρων. Αυτό το αντιστασιακό ορθόδοξο φρόνημα μας κληρονομούν, απέναντι στα ποικίλα ρεύμα που έρχονται να καταργήσουν την παράδοσή μας, απέναντι στην προσπάθεια επιβολής της πανθρησκείας, όπως φαίνεται και από την περίπτωση των νέων βιβλίων των θρησκευτικών. Στην περίοδο της Γερμανικής Κατοχής η Εκκλησία πόνεσε και μάτωσε μαζί με τα παιδιά της. Έκανε αντίσταση πραγματική, από αγάπη και με αγάπη· αντίσταση της Αγάπης. Μετά το πέρας της εισηγήσεως έγινε διάλογος με το ακροατήριο, ενώ ο Σεβασμιώτατος ευχαρίστησε τον ομιλητή για την αρτιότητα του λόγου του και την προσφορά πολλών άγνωστων πληροφοριών για το θέμα. Στην συνέχεια παρατέθηκε γεύμα σε όλους τους συμμετέχοντες με την ευγενική φροντίδα των υπευθύνων των Κατασκηνώσεων της Ι. Μητροπόλεως και των συνεργατών τους.