Της Εξοδίου Ακολουθίας προέστη ο Μητροπολίτης Λαοδικείας κ. Θεοδώρητος, Διευθυντής του Γραφείου Εκπροσωπήσεως του Οικουμενικού Πατριαρχείου στην Αθήνα, ο οποίος εκπροσώπησε τον Οικουμενικό Πατριάρχη κ.κ. Βαρθολομαίο.
Στην Εξόδιο Ακολουθία έλαβαν μέρος οι Μητροπολίτες: Ανέων κ. Μακάριος (Οικουμενικό Πατριαρχείο), Γουινέας κ. Γεώργιος (Πατριαρχείο Αλεξανδρείας), Δημητριάδος και Αλμυρού κ. Ιγνάτιος, Μεσογαίας και Λαυρεωτικής κ. Νικόλαος, Μεσσηνίας κ. Χρυσόστομος, Αργολίδος κ. Νεκτάριος, Περιστερίου κ. Γρηγόριος, Αιτωλίας και Ακαρνανίας κ. Δαμασκηνός, ο Επίσκοπος Δυτικής Αμερικής κ. Μάξιμος (Πατριαρχείο Σερβίας) και ο Επίσκοπος Ωρεών κ. Φιλόθεος, Αρχιγραμματέας της Ιεράς Συνόδου της Εκκλησίας της Ελλάδος.
Παρέστησαν συμπροσευχόμενοι ο Αρχιεπίσκοπος Κρήτης κ. Ευγένιος, ο οποίος το πρωί τέλεσε την Θεία Λειτουργία, οι Μητροπολίτες Αδριανουπόλεως κ. Αμφιλόχιος και Κρήνης κ. Κύριλλος, εκπρόσωποι πολιτικών αρχών και ακαδημαϊκών φορέων και πλήθος πιστών.
Eπικήδειο λόγο εκφώνησε ο Μητροπολίτης Σηλυβρίας κ. Μάξιμος, ιεράρχης του Οικουμενικού Θρόνου, ο οποίος είχε από πολλών ετών στενό πνευματικό δεσμό με τον αείμνηστο Γέροντα.
Εκ μέρους της Θεολογικής Σχολής του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης, όπου είχε διατελέσει καθηγητής ο μακαριστός Περγάμου, επικήδειο εκφώνησε ο Μητροπολίτης Αρκαλοχωρίου, Καστελλίου και Βιάννου κ. Ανδρέας, Καθηγητής του Τμήματος Κοινωνικής Θεολογίας και Χριστιανικού Πολιτισμού. Εκ μέρους του Δήμου Κοζάνης επικήδειο εκφώνησε ο Δήμαρχος κ. Λάζαρος Μαλούτας, καθώς ο αείμνηστος ιεράρχης καταγόταν από το Καταφύγιο Βελβεντού Κοζάνης.
Η ταφή του Γέροντος Περγάμου Ιωάννου έγινε στο Α’ Νεκροταφείο.
Αξίζει να σημειωθεί ότι ο Γέρων Περγάμου υπήρξε τακτικό μέλος της Ακαδημίας Αθηνών από το 1993 και διετέλεσε Πρόεδρός της το 2002. Η Ακαδημία Αθηνών ανήρτησε μεσίστιο τη σημαία του Μεγάρου της για τρεις ημέρες από την αναγγελία της κοίμησής του.