Στην φάση της υλοποιήσεως εισήλθε μετά και την ολοκλήρωση των αναγκαίων μελετών η Προγραμματική Σύμβαση, η δεύτερη κατά σειρά που υπογράφθηκε στις 24 Μαρτίου ε. ε., μεταξύ της Ιεράς Μητροπόλεως Σερρών και Νιγρίτης, της Αντιπεριφέρειας Σερρών, του Υπουργείου Πολιτισμού και Αθλητισμού και του ιερού Ναού Αγ. Αθανασίου Εμμ. Παπά, που προβλέπει την «Συντήρηση φορητών εικόνων του τέμπλου και ξυλόγλυπτων έργων» του ιστορικού ιερού Ναού Αγ. Αθανασίου Εμμ. Παπά.
Η πρώτη υλοποιηθείσα και ολοκληρωθείσα ήδη Σύμβαση αφορούσε στην συντήρηση και αποκατάσταση του μοναδικού σε τέχνη και κάλλος ξυλόγλυπτου τέμπλου του ιερού Ναού Αγ. Αθανασίου Εμμ. Παπά Σερρών.
Ο ιερός και ενοριακός ναός Αγ. Αθανασίου στο δημοτικό διαμέρισμα Εμμ. Παπά Σερρών ανεγέρθηκε το 1805, με δαπάνες μάλιστα και επιστασία του Γεωργίου Οικονόμου, ανεψιού του Εμμ. Παπά και γιού του παπα-Αθανασίου Οικονόμου, αδελφού του ήρωος. Κατά τον Σερραίο ιστορικό Ευάγγελο Στράτη, ο ήρωας και τα αδέλφια του εκτός από την οικονομική συνδρομή, κουβαλούσαν και τα υλικά που χρησιμοποιήθηκαν για την ανέγερση του Ναού. Έτσι, επικράτησε στην οικογένεια και το επώνυμο Παπάς αντί Οικονόμου. Αρχιτεκτονικά ο Ναός είναι ρυθμού τρίκλιτης βασιλικής που καλύπτεται με καμάρα και φέρει ημικυκλική κόγχη στα ανατολικά.
Η Ιερά Μητρόπολις Σερρών και Νιγρίτης σε αγαστή συνεργασία με την Περιφέρεια Κεντρικής Μακεδονίας και ειδικότερον με τον Περιφερειάρχη κ. Απόστολο Τζιτζικώστα και τον Αντιπεριφερειάρχη Σερρών κ. Παναγιώτη Σπυρόπουλο, των οποίων η συμβολή για το συγκεκριμένο αυτό έργο υπήρξε κατά πάντα πολύτιμος και την επίβλεψη του Υπουργείου Πολιτισμού και Αθλητισμού υλοποιούν σύμφωνα με την υπογραφείσα ήδη Προγραμματική Σύμβαση το σπουδαίο και εμβληματικό αυτό έργο στην γενέτειρα γη του μεγάλου ήρωος της Ελληνικής Eπαναστάσεως του 1821, Εμμ. Παπά.