Ο Άγιος Φλαβιανός, γνωστός για τις αρετές και τα πνευματικά του χαρίσματα, διαδέχθηκε τον Άγιο Πρόκλο (βλέπε 20 Νοεμβρίου) στον αρχιεπισκοπικό θρόνο της Κωνσταντινούπολης το έτος 447 μ.Χ.
Το 448 μ.Χ. καταδίκασε με τοπική Σύνοδο, την πλάνη του αρχιμανδρίτου Ευτυχούς, ο οποίος ισχυριζόταν ότι ο Χριστός διέθετε μόνο τη θεία φύση, η οποία απορρόφησε την ανθρώπινη. Τελικά, μετά την εμμονή του Ευτυχούς στην πλάνη, η σύνοδος τον καθαίρεσε και τον αφόρισε. Εκείνος όμως έχοντας πολιτική στήριξη ως και τον κακόδοξο Πατριάρχη Αλεξανδρείας Διόσκορον επέτυχε τη σύγκλιση Συνόδου τον Αύγουστο του 449 μ.Χ. στη Έφεσο. Στη Σύνοδο αυτή, την λεγόμενη ληστρική, όλα ήταν προσχεδιασμένα κατά του Φλαβιανού, επιστρατεύθηκε μάλιστα και όχλος με επικεφαλείς μοναχούς, και υπό την αρχηγία ενός ρασοφόρου τέρατος, του αρχιμανδρίτη Βαρσουμά, οι οποίοι εισέβαλλαν στη Σύνοδο και κακοποίησαν βάναυσα τον Άγιο, ο οποίος τρεις ημέρες αργότερα, υπέκυψε στο τραύματα που του προκάλεσαν οι φονιάδες του.
Δύο έτη αργότερα το 451 μ.Χ. στη Δ’ Οικουμενική Σύνοδο, η αίρεση καταδικάσθηκε, ο Ευτυχής αναθεματίστηκε και ο Διόσκουρος καθαιρέθηκε. Το δε λείψανο του Αγίου, με μεγάλες τιμές ανακομίσθηκε στην Κωνσταντινούπολη από την Πουλχερία, αδελφή του Θεοδοσίου του Μικρού και τοποθετήθηκε στο ναό των Αγίων Αποστόλων.