Γεννήθηκε στη Νάξο στα 1749. Ο Νικόλαος Καλλιβούρτσης παρακολούθησε την εγκύκλια παιδεία στο νησί και πήγε στην Ευαγγελική Σχολή της Σμύρνης, την περίφημη Σχολή της εποχής, όπου διδάχθηκε πολλές επιστήμες. Ήταν εύγλωττος, ιδιαιτέρως γλωσσομαθής και είχε ισχυρότατη μνήμη, γεγονός που του επέτρεπε να παραπέμπει στις συγγραφές του «από στήθους».
Στα 1775 πήγε στο Άγιον Όρος, στη Μονή Διονυσίου και εκάρη Μοναχός με τ᾿ όνομα Νικόδημος, αναλαμβάνοντας το διακόνημα της αντιγραφής κωδίκων.
Ένεκα του γεγονότος ότι ανήκε στο κίνημα των Κολλυβάδων Πατέρων, παραγκωνίστηκε, αδικήθηκε, υποτιμήθηκε και παραμελήθηκε. Ακόμη και σήμερα, σχεδόν 200 χρόνια από την κοίμησή του, ελάχιστοι αναφέρονται στο αγιαστικό του παράδειγμα, και ακόμη πιο λίγοι παραπέμπουν στα συγγράμματα και στις θείες διδαχές του.
Στο σύντομο βίντεο που ακολουθεί γίνεται αναφορά στο αγιαστικό του παράδειγμα: