Όταν όμως ο Άγιος Γεώργιος συνειδητοποίησε την πράξη του απαρνήθηκε τον Ισλαμισμό και κατέφυγε στη Σάμο. Στο διάστημα της απουσίας του οι χριστιανοί της Έφεσου έλαβαν άδεια από την Κωνσταντινούπολη και άρχισαν να αναγείρουν Ναό.
Οι Τούρκοι βέβαια της περιοχής, το έφεραν βαρέως γι` αυτό διέβαλαν τους χριστιανούς ότι στο θεμέλια του νέου ανεγειρόμενου Ι. Ναού έκρυψαν το λείψανο του Αγίου Γεωργίου, τον οποίον σκότωσαν διότι απαρνήθηκε τη χριστιανική πίστη. Ο άγιος Γεώργιος συνελήφθη και οδηγήθηκε βίαια στη Έφεσο, κατόρθωσε όμως να διαφύγει στη Σάμο.
Και πάλι συνελήφθη και οδηγήθηκε στις φυλακές διότι επέμενε να ομολογεί την χριστιανική του πίστη. Με τη μεσολάβηση των δημογερόντων της Σάμου, αφέθηκε ελεύθερος. Επειδή όμως στην Έφεσο συνεχίζονταν οι δυσκολίες για την ανέγερση του Ναού, ο άγιος Γεώργιος πήρε την απόφαση να επιστρέψει στην πατρίδα του και να μαρτυρήσει. Παρουσιάστηκε λοιπόν μπροστά στον τούρκο ιεροδικαστή και με θάρρος ομολόγησε την πίστη του στο Χριστό.
Εκείνος πότε με υποσχέσεις και πότε με απειλές για εκείνον και την οικογένειά του προσπάθησε να τον μεταπείσει μάταια. Ακολούθησαν σκληρά βασανιστήρια και τέλος ο αποκεφαλισμός του στις 5 Απριλίου 1801. Το ιερό λείψανό του έθαψαν οι Χριστιανοί με τις αρμόζουσες τιμές στο τάφο του νεομάρτυρα Πολυδώρου.
Ἀπολυτίκιον
Ἦχος α’. Τῆς ἐρήμου πολίτης.
Προκαθάρας τοῖς ῥείθροις τῶν δακρύων Γεώργιε, τὴν ψυχὴν καὶ τὸ σῶμα, ἐγκρατεύθης πανεύφημε· καὶ πόθῳ Χριστοῦ πυρποληθείς, ἐχώρησας γενναῖε πεποιθώς, πρὸς ἀγῶνάς τε καὶ ἄθλους μαρτυρικούς, καὶ νομίμως ἐνήθλησας. Δόξα τῷ παράσχοντί σοι ἰσχύν, δόξα τῷ σὲ θαυμαστώσαντι, δόξα τῷ ἀφθαρσίᾳ εἰς αἰῶνας σὲ δοξάσαντι.
Κοντάκιον
Ἦχος δ´. Ἑπεφάνης σήμερον.
Τῆς πατρῴας πίστεως ὑπεραθλήσας, τὸν Χριστὸν ἐδόξασας, ὑπὲρ αὐτοῦ ἀποθανών, παμμάκαρ Μάρτυς Γεώργιε, καὶ Μαρτυρίου τὸν στέφανον εἴληφας.