Ο Άγιος Νεκτάριος, κατά κόσμον Αναστάσιος, γεννήθηκε στις 1 Οκτωβρίου 1846 μ.Χ., στην Συληβρία της Ανατολικής Θράκης. Γεννήθηκε σε χώματα ελληνικά από ευσεβείς γονείς, τον Δημοσθένη και την Μαρία Κεφαλά, το 5ο από τα 6 παιδιά φτωχής οικογένειας.
Από μικρό παιδί η ευσεβής γιαγιά του, του έμαθε τον 50ο Ψαλμό, το «ελέησόν με ο Θεός»· και όπως λέει χαρακτηριστικά ο Συναξαριστής του βίου του, όταν έφθανε στο σημείο του Ψαλμού «διδάξω ανόμους τας οδούς Σου» το επαναλάμβανε μόνος του πολλὲς φορές. Από μικρός έφτιαχνε τεχνητούς άμβωνες και μιλούσε για το Χριστό στα παιδιά της ηλικίας του.
Αφού τελείωσε το δημοτικό και το σχολαρχείο στην πατρίδα του, με την ευχή των γονέων του, παίρνει την απόφαση να ξενιτευθεί στην Κωνσταντινούπολη, καθώς η οικογένειά του αδυνατούσε να συντηρήσει όλα τα μέλη της, και η γενέτειρά του δεν είχε σχολείο μέσης εκπαίδευσης. Ηταν μόλις 14 ετών.
Τα πρώτα χρόνια της παραμονής του στη Κωνσταντινούπολη η ζωή για το μικρό Αναστάσιο ήταν σκληρή και δύσκολη. O Αναστάσιος βρήκε εργασία σε έναν έμπορο καπνών που δεν τον πλήρωνε όπως έπρεπε, έτσι είχε μείνει με τρύπια παπούτσια και άθλια ενδύματα. Αλλά είχε πολλή πίστη στο Θεό και η προσευχή του ήταν η μόνη παρηγοριά. Όταν παρατήρησε ότι ο εργοδότης του έγραφε επιστολές και έπαιρνε απαντήσεις, ο Αναστάσιος με το παιδιάστικο μυαλό και την άδολη καρδιά του, θέλησε να γράψει και αυτός μια επιστολή, γιατί είχε πολλά να πει. Αλλά σε ποιον θα την έγραφε; Δεν γνώριζε κανένα και δεν θα μπορούσε να γράψει στη μητέρα του γιατί δεν ήθελε να την στενοχωρήσει. Και όμως αισθανόταν μεγάλη την ανάγκη να γράψει, ήθελε να γράψει για τις συνθήκες της εργασίας του και ότι χρειαζόταν χρήματα για να αγοράσει παπούτσια και ενδύματα. Η ελπίδα που είχε στο Θεό δεν τον εγκατέλειπε ποτέ και έτσι σκέφτηκε να γράψει μια επιστολή με παραλήπτη το Χριστό, να του αφηγηθεί τα προβληματά του. Πήρε το μολύβι του και έγραψε:
«Χριστούλη μου, δεν έχω παπούτσια και ρούχα. Στείλε μου τα Σε παρακαλώ. Ξέρεις πόσο Σε αγαπώ. Αναστάσιος».
Έκλεισε την επιστολή με εμπιστοσύνη και έγραψε στο φάκελο: «Προς Κύριον Ιησού Χριστό στον παράδεισο».
Στον δρόμο για το ταχυδρομείο συνάντησε τον ιδιοκτήτη ενός γειτονικού καταστήματος. Ο άνδρας τον συμπαθούσε ιδιαίτερα για τον καλό του χαρακτήρα και την αθωότητα του, γνωρίζοντας μάλιστα τι περνούσε αισθανόταν οίκτο γι’ αυτόν. Όταν τον ρώτησε που πηγαίνει, ο Αναστάσιος μουρμούρισε κάτι και κούνησε την επιστολή που κρατούσε στο χέρι του. Ο έμπορος προσφέρθηκε να ταχυδρομήσει εκείνος την επιστολή και ο Αναστάσιος του την έδωσε. Ο έμπορος την πήρε και κτύπωντας ελαφρά τον Αναστάσιο στο κεφάλι του είπε να επιστρέψει πίσω και να μην ανυσηχεί. Από περιέργεια ο έμπορός έριξε μιά ματιά στον παραλήπτη. Αμέσως η περιέργειά του οξύνθηκε, άνοιξε την επιστολή και την διάβασε. Συντετριμένος από συγκίνηση, πήρε κάποια χρήματα, από την τσέπη του και κατόπιν τα έβαλε σε έναν φάκελο και τα έστειλε ανώνυμα στο αγόρι. Ο Αναστάσιος γέμισε από χαρά όταν έλαβε την επιστολή και ευχαρίστησε θερμά τον Θεό.
Μερικές ημέρες μετά από αυτό, ο εργοδότης του τον είδε που ήταν καλύτερα ντυμένος και σκέφθηκε ότι πρέπει να του είχε κλέψει χρήματα και άρχισε να τον δέρνει. Αλλά ο έμπορος που τον είχε βοηθήσει με την επιστολή, είδε τον ξυλοδαρμό από το αφεντικό του και έτσι ζήτησε από τον μικρό Αναστάσιο να δουλέψει κοντά του. H κατάσταση μεταστράφηκε. Άρχισε να εργάζεται στο επιπλοποιείο του, με αποτέλεσμα οι ώρες εργασίας να μειωθούν, να έχει χρόνο για εκκλησιασμό, να εντρυφεί στην Αγία Γραφή, να πηγαίνει σχολείο, ενώ σύντομα η οικογένεια του τον ακολούθησε στην Κωνσταντινούπολη.
Στην Πόλη κάθισε συνολικά 7 έτη και σε ηλικία 20 ετών την εγκατέλειψε, παρότι δεν ολοκλήρωσε την μόρφωση του, για να πάει στο Λιθί της Χίου να εργαστεί ως δάσκαλος. Όλοι όσοι τον γνωρίζαν τον θαυμάζουν και τον αγαπούν λόγω του εμφανούς ψυχικού του κάλλους και των ποικίλων αρετών του.
Εκεί αρχικά θα γνωρίσει τον μεγάλο ευεργέτη του Ιωάννη Χωρέμη, ένα εύπορο τοπικό άρχοντα, ο οποίος εξαιτίας ενός περιστατικού που είχε συμβεί κατά την μεταφορά του Αγίου από την Συληβρία προς την Κωνσταντινούπολη (ένας ανηψιός του Χωρέμη τον βοήθησε να επιβιβαστεί στο πλοίο γιατί δεν είχε χρήματα), τον έθεσε υπό την προστασία του.
Ο Άγιος Νεκτάριος όμως είχε αποφασίσει πλεόν να εξέλθει της κοσμικής ζωής. Στη Νέα Μονή της Χίου μετά από τριετή δοκιμασία, στις 7 Νοεμβρίου 1876 μ.Χ., λαμβάνει το αγγελικό σχήμα με το όνομα Λάζαρος, σε ηλικία 30 χρονών. Ένα χρόνο αργότερα στις 15 Ιανουαρίου 1877 μ.Χ. χειροτονείται διάκονος από τον μητροπολίτη Χίου, Γρηγόριο και μετονομάζεται σε Νεκτάριο. Ο Άγιος Νεκτάριος είχε κλίση προς το μοναχισμό, που επιθυμούσε πάνω απο όλα και όχι τόσο στον κοσμικό βίο έστω και ως κληρικός. Οι πιέσεις όμως που του ασκήθηκαν λόγω των χαρισμάτων του λόγου και της μορφώσεώς του, τελικά τον έστρεψαν προς τον κοσμικό κλήρο, αν και ποτέ δε λησμόνησε μέχρι τέλους της ζωής του, τον μοναχισμό.
Στή Χίο φοιτά στο γυμνάσιο αλλά ο μεγάλος σεισμός του 1881 μ.Χ. τον αναγκάζει να πάει στην Αθήνα, όπου ολοκληρώνει τις γυμνασιακές σπουδές του στο Βαρβάκειο, παίρνοντας απολυτήριο ως κατ’ οίκον διδαχθείς. Τον ίδιο χρόνο ταξιδεύει στην Αλεξάνδρεια, για να συναντήσει τον Πατριάρχη Αλεξανδρείας Σωφρόνιο.
Ο Σωφρόνιος, τριετής ήδη στον πατριαρχικό θρόνο εντυπωσιάστηκε από τον Νεκτάριο και με βάση τις πολύ καλές συστάσεις που είχε, τον έστειλε στην Αθήνα ξανά, να φοιτήσει στη θεολογική σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών. Ο Νεκτάριος εκεί διέπρεψε, και μάλιστα, πρώτευσε στο διαγωνισμό σχολικής κοσμητείας στο «Παπαδάκειο κληροδότημα», με αποτέλεσμα να κερδίσει υποτροφία σπουδών στη θεολογική σχολή, κάτι που τον ανακούφισε πολύ, καθότι ο ευεργέτης του Ιωάννης Χωρέμης είχε φύγει από τη ζωή, με αποτέλεσμα να βρίσκεται σε δεινή οικονομική κατάσταση. Αφού έλαβε το πτυχίο του (1885 μ.Χ.), πάλι ανεχώρησε προς την Αλεξάνδρεια.
Στην Αλεξάνδρεια όλα έβαιναν καλώς για τον Νεκτάριο. Άμεσα, με την επιστροφή του, χειροτονείται Ιερέας και 5 μήνες αργότερα τοποθετείται γραμματέας του Πατριάρχη παίρνοντας το αξίωμα του Αρχιμανδρίτη. Εν συνεχεία μέσα σε δύο μήνες, πείθοντας για την ρητορική του ικανότητα, ανελίχθηκε σε ιεροκήρυκα ενώ έλαβε και θέση Πατριαρχικού επιτρόπου. Μέσα σε πολύ μικρό χρονικό διάστημα ο Νεκτάριος ανήλθε στην ιεραρχία του πατριαρχείου όντας ένας πολύ έμπιστος άνθρωπος στο πλευρό του Πατριάρχη. Στις 15 Ιανουαρίου του 1889 μ.Χ. θα ανακηρυχτεί επίσκοπος Πενταπόλεως Λιβύης μετά από την κοίμηση του επισκόπου της περιοχής Νείλου. Το πρακτικό της χειροτονίας του διασώζεται μέχρι και σήμερα (Πρακτικό εκλογής κωδ.66, σελ. 394).
Με μεγάλη ταπείνωση δέχτηκε το αξίωμα της αρχιερωσύνης και είναι αξιοσημείωτο να αναφέρουμε τι έλεγε προς τον Κύριο: «Κύριε διατὶ μὲ ἀνύψωσες εἰς τοσούτον μέγα ἀξίωμα; Ἐγὼ σοῦ ἐζήτησα νά γίνω μόνον Θεολόγος κι ὄχι Μητροπολίτης. Ἐκ νεαρᾶς ἡλικίας Σοῦ ἐζήτησα νά γίνω ἕνας ἁπλὸς ἐργάτης τοῦ Θείου Λόγου Σου, και Σύ, Κύριε, τώρα μὲ δοκιμάζεις μὲ τόσα πράγματα. Ἀλλ᾿ ὑποτάσσομαι, Κύριε, εἰς τὸ θέλημά Σου, και δέομαι: καλλιέργησε ἐντός μου τὴν ταπεινοφροσύνην και τὸν σπόρον τῶν λοιπῶν ἁγίων ἀρετῶν, δι᾿ ὧν τρόπων γνωρίζεις, και ἀξίωσόν με νά ζήσω πάσας τάς ἐπὶ γῆς ἡμέρας μου συμφώνως πρὸς τοὺς λόγους τοῦ μακαρίου Παύλου, ὅστις λέγει: «Ζῶ δὲ οὐκέτι ἐγώ, ζῇ δὲ ἐν ἐμοὶ Χριστός». Και ο Κύριος εισάκουσε τη δέηση του ταπεινού Ιεράρχου. Οι αρετές του Αγίου διεδόθηκαν παντού και όλοι μιλούσαν με θαυμασμό για το θησαυρό που τους χάρισε ο Θεός.
Αυτή η ραγδαία άνοδος του Νεκταρίου, δεν πέρασε απαρατήρητη από τους υπολοίπους επισκόπους. Ο Σωφρόνιος πλησίαζε τα 90 χρόνια ζωής πλέον και η κούρσα της διαδοχής είχε ξεκινήσει. Ο λαός ο οποίος είχε ευεργετηθεί από το πολυποίκιλο έργο του Νεκταρίου (κυρίως φιλανθρωπικό αλλά και ποιμαντικό και αντιαιρετικό) επιθυμούσε την άνοδο του στον πατριαρχικό θρόνο και σε συνδυασμό με την εύνοια του Σωφρονίου καθίστατο η πρώτη επιλογή. Οι αντίπαλοί του γνωρίζοντας όλα αυτά, αποφάσισαν να τον παραμερίσουν, κατηγορώντας τον, πως ήθελε να ανατρέψει το Σωφρόνιο από τον θρόνο, αλλά και με αόριστες κατηγορίες ηθικής φύσεως. Επίσης είχαν μαζί τους και μερίδα κληρικών, οι οποίοι πίστευαν ότι η τακτική που ακολουθούσε ο Νεκτάριος ως επίσκοπος, δηλαδή λιτότητας και πενίας της εκκλησίας, θα επηρέαζε την οικονομική κατάσταση του Πατριαρχείου, το οποίο χωρίς οικονομική δύναμη θα γινόταν έρμαιο των διαφόρων πολιτικών ή εθνικών πιέσεων.
Ο Σωφρόνιος που πληροφορήθηκε τις κατηγορίες, που ισχυρίζονταν ότι έπραξε το αγαπημένο του παιδί, πείστηκε για την αλήθεια των ισχυρισμών. Αποτέλεσμα ήταν η άμεση εντολή, για παύση της ιδιότητάς του. Κάτι που ήταν εκκλησιαστικά παράνομο, καθότι σύμφωνα με το εκκλησιαστικό δίκαιο έπρεπε να παρουσιαστεί ο Νεκτάριος ενώπιον συνόδου η οποία θα εξέταζε, μετά ακροάσεως του κατηγορουμένου, τις κατηγορίες.
Ο Νεκτάριος δεν θέλησε να τραβήξει το σχοινί στα άκρα και ανεχώρησε από την Αλεξάνδρεια, εν αντιθέσει με τους αντιπάλους του, οι οποίοι θέλησαν την οικονομική και ηθική εξόντωση του. Πέραν δηλαδή του ότι φρόντισαν να σπιλώσουν το όνομα του στην Αθήνα και την Κωνσταντινούπολη, με αποτέλεσμα να αδυνατεί να εργαστεί οπουδήποτε, παρακρατούσαν και τους μισθούς του.
Ο Νεκτάριος βρέθηκε ενώπιον ακόμα μιας πολύ δύσκολης κατάστασης, όπως από μικρή ηλικία πολλές φορές είχε βρεθεί. Ο ίδιος ενοικίασε ένα μικρό δωμάτιο στα περίχωρα των Αθηνών, αλλά αδυνατούσε να πληρώσει το ενοίκιο, ενώ δεν είχε χρήματα να τραφεί. Η παράλληλη διαπόμπευσή του, ακόμα και σε κυβερνητικά κλιμάκια δυσχαίρεναν την δυνατότητα εύρεσης εργασίας. Προσπαθούσε μέσω του Αρχιεπισκόπου Γερμανού να βρει μια θέση ιεροκήρυκα. Ο ίδιος παρά την συμπάθεια που έτρεφε προς το πρόσωπό του, αδυνατούσε λόγω πιέσεων από την σύνοδο να τον βοηθήσει. Έφτασε μέχρι τον υπουργό παιδείας και εκκλησιαστικών, που όμως του διεμήνυσε, ότι λόγω του νόμου (ο Νεκτάριος δεν είχε ελληνική υπηκοότητα) αδυνατούσε να τον βοηθήσει.
Μετά από λίγο καιρό, τελικά ο Άγιος Νεκτάριος διορίστηκε ιεροκήρυκας χάρη στη βοήθεια ενός ανθρώπου ονόματι Μελά ο οποίος ήταν μέλος της κυβέρνησης και τον είχε γνωρίσει στην Αλεξάνδρεια. Μεσολαβώντας στο γραφείο του υπουργού διορίστηκε εν τέλει ιεροκήρυκας στη Χαλκίδα. Η φήμη όμως που τον ακολουθούσε ακόμα παρέμενε. Πέρασε δύσκολες στιγμές καθότι υπήρχε μεγάλη καχυποψία σε βάρος του, από τις κατηγορίες που τον ακολουθούσαν. Αποτέλεσμα αυτού ήταν, άνθρωποι από την Αθήνα αλλά και ντόπιοι να τον αποδοκιμάζουν στις ομιλίες του, στιγματίζοντας τον.
Το 1891 μ.Χ., δύο έτη μετά από τις κατηγορίες που του εξαγγέλθηκαν και την απομάκρυνσή του από την Αλεξάνδρεια, στην κυβέρνηση ακόμα γίνονταν προσπάθειες για την αποπομπή του από τη θέση που κατείχε. Τότε αποκαλύφθηκε πλήρως το σχέδιο κι η πλεκτάνη που είχε στηθεί σε βάρος του. Όλα ξεκίνησαν από την αποκάλυψη ότι δεν έπαιρνε τα χρήματα που του οφείλονταν και εργαζόταν αμισθί επί της εποχής της επισκοπείας του. Επίσης παρότι παρέμενε δικαιωματικά επίσκοπος Πενταπόλεως, αφού είχε παράνομα εκδιωχθεί δεν ελάμβανε χρήματα. Εν συνεχεία καθαρίστηκε το όνομά του από κάθε είδους ανάμιξη σε σκάνδαλο ηθικού χαρακτήρος και από παντός είδους ραδιούργες προσπάθειες σε βάρος του πατριάρχη. Αυτό, ειδικά μετά την σκληρή συμπεριφορά του ποιμνίου, τον έκανε συμπαθή ενώπιον του λαού στη Χαλκίδα. Άρχισε τότε με περισσή άνεση να κηρύττει. Γρήγορα η φήμη του εξαπλώθηκε μακρύτερα από την Χαλκίδα, ενώ ο λαός έδειξε μεγάλη συμπάθεια στο πρόσωπό του, όταν χήρεψε η θέση του τοπικού επισκόπου, σχεδόν απαιτώντας την άνοδό του στο θρόνο.
Το 1892 μ.Χ. και 1893 μ.Χ. διορίστηκε ιεροκήρυκας στο νομό Λακωνίας και Φθιωτοβοιωτίας αντίστοιχα. Ο Νεκτάριος πραγματοποιούσε διαρκώς περιοδείες σε χωριά και πόλεις κηρύττοντας, την ώρα που φίλοι του προσπάθούσαν να τον μεταθέσουν στη Ριζάρειο σχολή Αθηνών. Όταν έγινε αντιληπτό άρχισαν πάλι κάποιοι ψίθυροι, οι οποίοι τελικά δεν κατάφεραν να αποτρέψουν τον Νεκτάριο από το να γίνει διευθυντής της Αθηναϊκής θεολογικής σχολής της εποχής, που επί των ημερών του γνώρισε μεγάλη αίγλη.
Τον Μάρτιο του 1894 μ.Χ. διορίστηκε ως διευθυντής της σχολής. Εργάζεται με ζήλο Θεού γιά την εμφύτευση του ιερού ζήλου της ιεροσύνης στους ιεροσπουδαστές του, αλλά και την ἐπαγγελματική τους αποκατάσταση, την αναμόρφωση του αναλυτικου προγράμματος της σχολής, ακόμη και για την καλυτέρευση του φαγητού και την άθληση. Κατάφερε να χορηγούνται τέσσερις υποτροφίες κάθε χρόνο για μαθητές προερχόμενους από τη Μικρά Ασία.
Το κυριότερο είναι ότι αποτελεί για αυτούς ένα ζωντανό παράδειγμα. Ιδιαίτερη έμφαση έδωσε στη λατρευτική ζωή και ανέδειξε ως λατρευτικό κέντρο το ναό του Αγίου Γεωργίου της Ριζαρείου και τη σχολή πνευματικό ίδρυμα προσκαλώντας επιστήμονες να δίνουν διαλέξεις. Η προσευχή του ήταν το σημαντικότερο λίπασμα για την άνθηση της σχολής.
Παράλληλα ασκούσε και λειτουργικό, κηρυκτικό, εξομολογητικὸ και φιλανθρωπικό έργο. Σχετίζεται με τον πάπα-Πλανά (βλέπε 2 Μαρτίου) και παίρνει μέρος στις αγρυπνίες στο εκκλησάκι του Αγίου Ελισσαίου όπου έψαλλαν οι Παπαδιαμάντης και Μωραϊτίδης.
Οι αμφιβολίες που υπήρχαν πλέον περί του Νεκταρίου δεν ήταν τόσο για τις κατηγορίες του παρελθόντος, χωρίς όμως και να εκλείψουν, αλλά κατά πόσον αυτός ο λεγόμενος και «δεσποτοκαλόγερος», θα ήταν δυνατόν με τις παλαιές και θρησκευτικές αντιλήψεις του, να μπορέσει να πετύχει στο έργο που του ανατέθηκε, καθώς η Ριζάρειος σχολή ήταν μεν θεολογική σχολή, ήταν δε σχολή που φοιτούσαν και πολλά παιδιά ευκατάστατων Αθηναίων και άλλων αρχόντων και πολιτικών της εποχής, που δεν θα γίνονταν απαραίτητα ιερείς ή θεολόγοι, αλλά επιστήμονες. Σύντομα όμως κάμφθηκαν όλες οι αντιρρήσεις από το ρηξικέλευθο τρόπο διαπαιδαγώγησης του Νεκταρίου.
Το έργο του στη Ριζάρειο ήταν οργανωτικό, εκπαιδευτικό, συγγραφικό και παιδαγωγικό. Σύντομα οργάνωσε την σχολή με πρότυπα τα οποία αφορούσαν τον εκκλησιαστικό ορθόδοξο τρόπο σκέψης. Όμως αυτό στο οποίο ήταν αξεπέραστος ήταν η παιδαγωγική του σκέψη. Κάποτε όταν μαθητές της Ριζαρείου ήρθαν στα χέρια, ο ίδιος αντί να τους τιμωρήσει, αυτοτιμωρήθηκε, θεωρώντας εαυτόν υπαίτιο, με ασιτία 3 ημερών. Σύντομα το παράδειγμα του έγινε ανάμεσα στους τροφίμους δείκτης και η σχολή επί των ημερών του απέκτησε μεγάλη αίγλη. Άλλοτε βρέθηκε ξυπόλητος ενώπιων των μαθητών να αγορεύει, διότι εισερχόμενος στην αίθουσα είδε ένα φτωχό ο οποίος τον παρεκάλεσε, αν μπορούσε να τον βοηθήσει ώστε να αποκτήσει παπούτσια, καθότι δεν είχε. Ο Νεκτάριος αμέσως έβγαλε τα δικά του και τα παρέδωσε προς κατάπληξη των πάντων. Άλλοτε σε μια διαμάχη μεταξύ των επιστατών για το ποιος ήταν υπεύθυνος καθαριότητας των αποχωρητηρίων, ο ίδιος έλυσε τη διαφορά τους, καθαρίζοντάς τες. Τέτοια και άλλα πλείστα παραδείγματα τον ανέδειξαν και σύντομα τον έκαναν στην τότε μικρή Αθήνα ακουστό και κοσμαγάπητο.
Την ίδια εποχή επιδόθηκε σε μεγάλο συγγραφικό έργο. Πολλά έργα τα διέθεσε στο λαό και τους θεολόγους δωρεάν, επειδή αδυνατούσαν να τα αγοράσουν, λόγω της φτώχιας. Χωρίς κανένα κέρδος, με γνώμονα μόνο την ψυχική ωφέλεια, πένητας από μικρός, ασκητής και ολιγαρκής, ουδέποτε ενδιαφέρθηκε για την αυτοπροβολή και το κέρδος.
Όταν τον κατηγορούσαν ουδέποτε αντιδικούσε, παρέμενε πράος και έλεγε πάντα πως ο Θεός θα δικαιώσει το δίκαιο και την αλήθεια. Ταπεινός, μοναχικός και παρόλα αυτά προσηνής, ο ήδη σεβάσμιος γέροντας Νεκτάριος έγινε παράδειγμα ανιδιοτελούς προσφοράς και αγάπης στους πονεμένους συνανθρώπους του στις δύσκολες εποχές που διένυαν. Η ταπεινοφροσύνη και το αίσθημα ευθύνης που τον διακατείχε για το έργο που επιτελούσε, καταδείχθηκε την εποχή που πέθανε ο Πατριάρχης Σωφρόνιος, όταν του ζητήθηκε να τον διαδεχθεί και ο ίδιος αρνήθηκε.
Η φτώχεια την εποχή που διετέλεσε ο Νεκτάριος διευθυντής της Ριζαρείου ήταν κανόνας και ταυτόχρονα το ηθικό των Ελλήνων, ειδικά μετά την αποτυχία, το 1897 μ.Χ. με τον ελληνοτουρκικό πόλεμο, βρισκόταν στο ναδίρ. Ο ίδιος όμως με την ελεημοσύνη ως όπλο και το λόγο του ευαγγελίου τόνωνε την τότε αθηναϊκή κοινωνία, η οποία προσέτρεχε συχνά στα κηρύγματά του για να πάρει την συμβουλή του. Ο ίδιος διετέλεσε διευθυντής της Ριζαρείου Σχολής 14 συναπτά έτη ως και το 1908 μ.Χ., οπότε και για λόγους υγείας εγκατέλειψε τη θέση του.
Στην Αίγινα ο Άγιος Νεκτάριος εγκαταστάθηκε το 1908 μ.Χ., η ιστορία όμως της εγκατάστασης του πηγαίνει αρκετά νωρίτερα στο χρόνο. Ο Νεκτάριος ποτέ στη ζωή του, δεν απέβαλε την έντονη επιθυμία του για το μοναχικό βίο. Αυτή η επιθυμία ενισχύθηκε ακόμα περισσότερο κατά την επίσκεψη του στο Άγιο Όρος και την σύνδεσή του με το γέροντα Δανιήλ (βλέπε 7 Σεπτεμβρίου) το 1898 μ.Χ.
Έκτοτε έψαχνε ένα τόπο να στεγάσει ένα μοναστήρι για το τέλος της ζωής του, ένα «Εκκλησιαστικό Παρθενώνα», όπως έλεγε. Πιο έντονη και ίσως επιτακτική έγινε αυτή η ανάγκη, όταν 4 γυναίκες που ήσαν μόνες και συνδέονταν μαζί του, με σχέση πνευματικής καθοδήγησης, θέλησαν να μονάσουν υπό την εποπτεία του. Έτσι τελικά βρήκε ένα παλαιό εγκαταλελειμμένο μοναστήρι στην Αίγινα στη θέση Ξάντος στο οποίο και αποφάσισε να στεγάσει τις 4 μοναχές και άλλες 3 που ήδη μόναζαν στο νησί. Το μοναστήρι άρχισε να επαναλειτουργεί το 1904 μ.Χ. υπό την καθοδήγησή του, παρότι αυτός ακόμα βρισκόταν στην Ριζάρειο σχολή.
Η εμφάνισή του στην Αίγινα όμως συνδυάστηκε από δύο γεγονότα, με αποτέλεσμα να γίνει άμεσα λαοφιλής. Ο Νεκτάριος αρχικά θεράπευσε έναν δαιμονισμένο νέο κάτι που γρήγορα μαθεύτηκε. Οι χωρικοί τότε τον επισκέφτηκαν ζητώντας του να λειτουργήσει και να δεηθεί στον Θεό να βρέξει, διότι είχε 3 χρόνια να βρέξει στο νησί με αποτέλεσμα να έχει προκληθεί εκτεταμένη ανομβρία και οικονομική ζημία. Ο ίδιος με σύσσωμη παρουσία των νησιωτών, λειτούργησε και την ίδια μέρα άρχισε να βρέχει. Αυτά, εκλείφθηκαν ως θεϊκά σημάδια από τους Αιγινίτες, με αποτέλεσμα να θεωρούν Άγιο τον Νεκτάριο, ακόμα και εν ζωή.
Το 1908 μ.Χ. παραιτήθηκε από σχολή για λόγους υγείας αλλά και γήρατος και αφοσιώθηκε στο μοναστήρι. Η χάρη του και η φήμη διαρκώς μεγάλωνε με αποτέλεσμα μεγάλο μέρος δωρεών να κατευθύνεται στο μοναστήρι και μέσα σε 4 χρόνια επιτεύχθηκε να μεγαλώσει τόσο, ώστε να χωράει 15 μοναχές. Τα χρήματα κατευθύνονταν κυρίως στους φτωχούς του νησιού. Μεγάλο μέρος λαού και πιστών κατευθυνόταν προς το μοναστήρι, από διάφορα μέρη της Ελλάδας, για να δει ή να πάρει την ευχή του ήδη ξακουστού Νεκταρίου, κάτι που βοηθούσε και τους νησιώτες να ανασάνουν οικονομικά.
Παρότι ήταν μεγάλος σε ηλικία όταν αποσύρθηκε στην Αίγινα, δεν έπαψε ποτέ να εργάζεται είτε πνευματικά, υπέρ της εκκλησίας, είτε και χειρωνακτικά για την διεύρυνση του μοναστηριού.
Το έργο πλέον είχε χαρακτήρα ποιμαντικό, λειτουργικό, λατρευτικό, εξομολογητικό, παρηγορητικό. Στάθηκε στους ανθρώπους του νησιού σαν αδελφός, βοηθός, συμπαραστάτης, οδηγός και συνοδοιπόρος της ζωής. Τα χρόνια μέχρι το τέλος της ζωής του, έμελλε να είναι πολύ ταραγμένα.
Μετά τους Βαλκανικούς πολέμους που έφεραν ηθική ανάταση και κάποια ευφορία οικονομική και πνευματική, ο Α΄ Παγκόσμιος Πόλεμος, ήρθε να σκιάσει την Ελλάδα. Φτώχεια, ανέχεια και όλα τα συνεπακόλουθα ενός βασανισμένου τόπου και λαού μαζί με τα σύνδρομα του φόβου και των στερήσεων εμφανίζονταν απειλητικά σε αυτά τα ταραγμένα πολιτικά χρόνια για την Ελλάδα.
Ο ίδιος όμως πάντα βοηθός, παρηγορητής, γνωρίζοντας από μικρός τις δυσκολίες του κόσμου κήρυττε την ελπίδα και το Θεό για ένα καλύτερο μέλλον, που πάντα όπως έλεγε στεκόταν κραταιός δίπλα στον πιστό λαό. Γι’ αυτό και ο Άγιος Νεκτάριος για τους Αιγινίτες υπήρξε κάτι παραπάνω από ένας μοναχός που εγκαταστάθηκε στο νησί τους.
Η ποιμαντική αγωγή του ποιμνίου, μακρύτερα απο τα στενά όρια του νησιού, ήταν πάντα μέλημά του, έτσι συνέχισε το συγγραφικό του έργο, που πλέον αναγνωριζόταν τόσο από τον τύπο της εποχής για την επιστημονική εγκυρότητά του, όσο και απο μεγάλα πνευματικά ιδρύματα της εποχής.
Επίσης διέθετε περισσότερο χρόνο για προσευχή κάτι που αγαπούσε, ιδιαίτερα προς την Παναγία, που θεωρούσε μητέρα του, όπως έλεγε. Ποτέ παρά τον κλονισμό της υγείας του δεν έπαψε όμως να προσφέρει ακόμα και χειρονακτικά.
Μάλιστα συνεισέφερε στην ανέγερση νέων κοιτώνων της μονής, στη διάνοιξη δρόμων προς το μοναστήρι, ασχολείτο με την κηπουρική και άλλες χειρονακτικές εργασίες που πάντα τις θεωρούσε τιμή. Πάντα ανέφερε πως καμία εργασία δεν είναι ντροπή, αντιθέτως είναι ευλογία Θεού.
Οι δυσκολίες και οι πίκρες ποτέ δεν έλλειψαν. Παρότι είχαν περάσει πάνω απο 10 χρόνια απο την επαναλειτουργεία της μονής, ο Μητροπολίτης Αθηνών Θεόκλητος αρνείτο να αναγνωρίσει την μονή, παρά την αρχική συγκατάθεσή του. Το πρόβλημα αυτό μεγάλωνε, διότι η μονή δεν αποκτούσε νομική προσωπικότητα με αποτέλεσμα να αδυνατεί να κρατήσει τις κληρονομιές και όποια αλλα οικονομικά ωφελήματα είχε απο πιστούς με αποτέλεσμα να δυσχαιρένει το φιλανθρωπικό έργο.
Κάποιοι δηλαδή, άφηναν κληρονομιές υπέρ του μοναστηριού, που το μαναστήρι αδυνατούσε να αποδεχτεί λόγω της νομικής ανυπαρξίας του. Ο Μητροπολίτης δε, είχε δυσαρεστηθεί από την τροπή που έλαβε η εξέλιξη του μοναστηριού, με αποτέλεσμα να είναι ανένδοτος. Ο Νεκτάριος προσπάθησε με διάφορους τρόπους να τον μεταπείσει, όμως μέχρι τέλους της ζωής του, δεν είδε το αίτημά του να πραγματοποιείται.
Ο Νεκτάριος αρχικά αφού τελείωσε ο Α΄ Παγκόσμιος Πόλεμος, και ο Θεόκλητος αποπέμφθηκε λόγω του αναθέματος στον Βενιζέλο μαζί με τους υπολοίπους επισκόπους, πίστεψε πως τα πράγματα ίσως εξομαλυνθούν. Η αρχική αισιοδοξία όμως διεκόπη όταν το 1918 μ.Χ. κατηγορήθηκε από μητέρα μοναχής για ανηθικότητα. Γρήγορα όμως εξετάσεις και έρευνες του εισαγγελέα Αθηνών κατέδειξαν το ψεύδος της μητέρας της κόρης, η οποία οικειοθελώς είχε προσχωρήσει στο μοναστήρι. Εξ’ αιτίας αυτού του λόγου, αλλά και κληρικών οι οποίοι στο νησί τον φθονούσαν, πιστεύοντας ότι τους παίρνει όλη την «πελατεία» και τον κατηγορούσαν πισώπλατα, ουσιαστικά δεν κατάφερε να πραγματοποιήσει το όνειρό του, την αναγνώριση του Μοναστηριού. Πάντα όμως πιστός στο Ευαγγέλιο, το παράδειγμα του Χριστού, τα γραφέντα του Αγίου Νικοδήμου του Αγιορείτη, πίστευε απόλυτα στη δικαιοσύνη του Θεού. Ήταν πράος, ήρεμος, υπομονετικός σε όλες αυτές τις κατηγορίες και εξευτελισμούς που κατά καιρούς τον υπέβαλαν.
Το τέλος της ζωής του ήταν επίπονο. Η χρόνια ασθένεια του προστάτη, μαζί με τα περασμένα χρόνια της ηλικίας του και κακοπάθειες της ζωής τον ταλαιπωρούσαν. Ακόμα και τότε είχε σχέδια. Ήθελε να δημιουργήσει ένα εκπαιδευτήριο. Τελικά δεν πρόλαβε. Το 1920 μ.Χ. εισήχθη στο Αρεταίειο νοσοκομείο Αθηνών οπου διεγνώσθη καρκίνος του προστάτη.
Στις 9 Νοεμβρίου του ιδίου έτους ο Άγιος Νεκτάριος εκοιμήθη. Το τίμιο λείψανο του Αγίου ευωδίαζε και ευώδες μύρον έκβλυζε από το πρόσωπό του. Αυθημερόν μεταφέρθηκε στην Αίγινα, στο Μοναστηράκι του κι εψάλη η εξόδιος ακολουθία και ετάφη εν συρροή κλήρου και λαού. Η είδηση της κοίμησής του κλόνισε από άκρη σε άκρη την Ελλάδα.
Ο τάφος του ανοίχτηκε επανειλημμένα κατά τα επόμενα χρόνια και για είκοσι και πλέον έτη το σώμα του ήταν σώον και αδιάφθορον, εκχέον την άρρητον ευωδίαν της αγιότητος ως μυροθήκη του Αγίου Πνεύματος. Αλλ’ ύστερον διελύθη, κρίμασιν οις οίδεν ο Θεός, ως διελύθησαν πολλά αδιάφθορα λείψανα αγίων.
Στις 3 Σεπτεμβρίου του 1953 μ.Χ. έγινε η ανακομιδή των χαριτόβρυτων λειψάνων του, υπό του Μητροπολίτη Ύδρας Προκοπίου, παρισταμένων και άλλων κληρικών, μοναχών και πλήθους λαού. Μια άρρητη ευωδία πλημμύρισε την περιοχή. Το 1961 μ.Χ. έγινε η επίσημος αναγνώρισις του Αγίου από το Οικουμενικό Πατριαρχείο.
“Μέγας ο Κύριος ημών και της μεγαλοσύνης Αυτού ουκ έσται πέρας, ο δοξάζων τους δοξάσαντας αυτού” ως αψευδώς επηγγήλατο. Όντως ο Άγιος Νεκτάριος είναι ο Άγιος του αιώνος μας, ο γλυκύς, ο πράος, ο ανεξίκακος, ο ταπεινός και δια τούτο έλαβε και λαμβάνει τόση χάρη από τον Κύριος της Δόξης. Ο συμπαθής Άγιος να παρέχει ενί εκάστω, εν παντί και πάντοτε την πατρική και σωστική αντίληψίν του και βοήθειαν.
Το δωμάτιο στο οποίο εκοιμήθη, έχει σήμερα μετατραπεί σε μικρό ναό στο δεύτερο όροφο του Αρεταιείου νοσοκομείου, που κοσμείται από εικόνες του Αγίου και τάματα πιστών για ανάρρωση των συγγενών τους που νοσηλεύονται στην κλινική.
Ο Άγιος Nεκτάριος θεωρείτο από τους κατοίκους του νησιού της Αίγινας εν ζωή Άγιος. Τα γεγονότα όμως που περιγράφουν οι μοναχές, ο Κωστής Σακκόπουλος, φίλοι, ιερείς, νησιώτες είναι πραγματικά αξιοθαύμαστα και εξηγούν τη σημερινή λαοφιλία. Ένα από τα πολλά καταγεγραμμένα θαύματα συνέβει όταν στο διπλανό κρεβάτι που νοσηλευόταν ο Άγιος, βρισκόταν και ένας παραπληγικός, ο οποίος αδυνατούσε να περπατήσει. Τότε ακουμπώντας την φανέλα του κεκοιμημένου Άγίου πάνω του, θεραπεύτηκε. Η φήμη αυτή μάλιστα έδωσε ελπίδα στο λαό, ειδικά σε μια περίοδο όπου το Ελληνικό όνειρο της Πόλης έγινε συντρίμμια με τη πυρπόληση της Σμύρνης.