Ο Άγιος Μάρκος ο Ευγενικός είχε ακόμα έναν μικρότερο αδερφό που ονομαζόταν Ιωάννης. Λόγω των πολλών του πνευματικών χαρισμάτων έκανε περίλαμπρες θεολογικές και φιλοσοφικές σπουδές και μαθήτευσε στους πλέον φημισμένους διδασκάλους της εποχής του, τον Ιωάννη Χορτασμένο (κατόπιν Ιγνάτιο Μητροπολίτη Σηλυμβρίας) και τον μαθηματικό και φιλόσοφο Γεώργιο Γεμιστό Πλήθωνα. Μεταξύ των συμμαθητών του ήταν και ο μετ’ έπειτα άσπονδος εχθρός του Βησσαρίων ο καρδινάλιος που ήταν υπέρμαχος της ένωσης.
Δίδασκε στο φροντιστήριο του πατέρα του, και αργότερα, μετά τον θάνατο αυτού, τον διαδέχθηκε στο διδασκαλικό επάγγελμα. Διακρίθηκε σαν δάσκαλος της ρητορικής και μεταξύ των μαθητών του, που διέπρεψαν αργότερα, ήταν ο Γεώργιος Γεννάδιος Σχολάριος (ο πρώτος μετά την πτώσιν της Πόλεως Πατριάρχης), ο Θεόδωρος Αγαλλιανός, ο Θεοφάνης Μητροπολίτης Μηδείας και ο αδελφός του Ιωάννης ο Ευγενικός.
Στο 25ο έτος της ηλικίας του αποφάσισε να γίνει μοναχός και γι’ αυτό έφυγε σε μια Μονή στους Πριγκηπόνησους. Εκεί ετάχθη υπό την πνευματική επιστασία ενάρετου μοναχού, του Συμεών, ο όποιος τον έκειρε μοναχό και τον μετονόμασε από Εμμανουήλ, που ήταν το πρώτο του όνομα, σε Μάρκο. Κατόπιν από τα νησιά αυτά έφυγε και πήγε στη Μονή των Μαγκάνων, όπου χειροτονήθηκε Ιερέας. Αφού έγινε κληρικός, το 1436 μ.Χ. εκλέγεται Αρχιεπίσκοπος Εφέσου.
Ακολούθησε τον αυτοκράτορα Ιωάννη Παλαιολόγο στη Φεράρα και τη Φλωρεντία, όπου πραγματοποιήθηκε Σύνοδος για την ένωση της Ανατολικής και της Δυτικής Εκκλησίας. Εκεί ο Μάρκος ανεδείχθη ο θερμότερος και στερεότερος υπέρμαχος της Ορθοδοξίας, αρνούμενος να υπογράψει τον όρο της ψευδοενώσεως, έτσι που όταν ο πάπας Ευγένιος Δ’ (1431 – 1447 μ.Χ.) πληροφορήθηκε την απόφασή του είπε: «Μᾶρκος οὐχ ὑπέγραψε, λοιπὸν ἐποιήσαμεν οὐδέν».
Μετά την προδοτική ένωση της Φερράρας – Φλωρεντίας οι Βυζαντινοί εγκατέλειψαν την Ιταλία. Ο αυτοκράτορας παρέλαβε τον Άγιο Μάρκο στο αυτοκρατορικό πλοίο. Ύστερα από ταξίδι τρεισήμισι μηνών έφθασαν τελικά στην Κωνσταντινούπολη. Εκεί οι κάτοικοι δέχθηκαν με αισθήματα εχθρικά και αποδοκίμασαν αυτούς που υπέγραψαν την ένωση, αλλά επιδοκίμασαν και τίμησαν τον Άγιο Μάρκο όπως αναφέρει ο υβριστής του γραικολατίνος επίσκοπος Μεθώνης Ιωσήφ: «ο Εφέσου είδε το πλήθος δοξάζων αυτόν ως μη υπογράψαντα και προσεκύνουν αυτώ οι όχλοι παθάπερ Μωϋσεί και Ααρών και ευφήμουν αυτόν και άγιον απεκάλουν» (PG 159, 992).
Στις 4 Μαΐου 1440 μ.Χ. ο Άγιος Μάρκος αναγκάστηκε να δραπετεύσει από την Βασιλεύουσα, διότι κινδύνευε η ζωή του, και να πάει στην Έφεσο που ήταν κάτω από τους Τούρκους. Εκεί αφού ποίμανε για λίγο το ποίμνιο του αναγκάσθηκε πάλι, τώρα από τους Τούρκους και τους ενωτικούς, να εγκαταλείψει την Έφεσο και μπήκε στο πλοίο που πήγαινε στο Άγιο Όρος, όπου είχε αποφασίσει να περάσει τον υπόλοιπο χρόνο της ζωής του. Όταν όμως το πλοίον έκαμε σταθμό στη Λήμνο ο Άγιος ανεγνωρίσθει και αμέσως συνελήφθη, κατόπιν αυτοκρατορικής εντολής και φυλακίσθηκε εκεί για δύο χρόνια. Κατά την διάρκεια της φυλακίσεώς του υπέφερε πολύ, αλλά όπως έγραψε στον ιερομόναχο Θεοφάνη τον εν Ευβοία «ο λόγος του Θεού και η της αληθείας δύναμης ου δέδεται, τρέχει δε μάλλον και ευοδούται, και οι πλείονες των αδελφών τη εμή εξορία θαρρούντες βάλλουσι τοις ελέγχοις τους αλιτηρίους και παραβάτας της ορθής πίστεως…».
Από την Λήμνο ο Άγιος εξαπέλυσε την περίφημο εγκύκλιο επιστολή του προς τους απανταχού της γης και των νήσων ευρισκομένους Ορθοδόξους Χριστιανούς. Με αυτήν ελέγχει αυστηρώς τους Ορθοδόξους εκείνους που αποδέχθηκαν την ένωση και με αδιάσειστα στοιχεία αποδεικνύει ότι οι λατίνοι είναι καινοτόμοι και γι’ αυτό λέει: «ως αιρετικούς αυτούς απεστράφημεν, και δια τούτο αυτών εχωρίσθημεν». Καλεί δε ο άγιος τους πιστούς να αποφεύγουν τους ενωτικούς, διότι αυτοί είναι «ψευδαπόστολοι και εργάται δόλιοι».
Μετά την αποφυλάκιση του άγιος Μάρκος λόγω της ασθενείας του δεν μπόρεσε να αποσυρθεί στο Άγιο Όρος, αλλά επέστρεψε στην Κωνσταντινούπολη, όπου έγινε δεκτός μετά τιμών ως άγιος και ομολογητής. Από το μοναστήρι του Αγίου Γεωργίου των Μαγγάνων ο νέος ομολογητής διηύθυνε τον αγώνα κατά των ενωτικών, γράφοντας επιστολές στους μοναχούς και κληρικούς ενθαρρύνοντας τους να κρατούν την ορθή πίστη και να μη συνεργάζονται με τους ενωτικούς.
Οι διωγμοί, οι εξουθενώσεις και οι πιέσεις επιδείνωσαν την κατάσταση της υγείας του Αγίου Μάρκου και στις 23 Ιουνίου του 1444 μ.Χ., αφού είχε καλέσει κοντά του τα πνευματικά του τέκνα και ανέθεσε στον Γεώργιο Σχολάριο την αρχηγία του ανθενωτικού αγώνος, απεδήμησεν εις Κύριον. Ήταν μόλις 52 ετών.
Στον επικήδειο λόγο που εξεφώνησε ο Γεώργιος Σχολάριος, ανέφερε μεταξύ άλλων ότι ο όσιος «εν ιερεύσει διέπρεψεν, εν αρχιερεύσιν διέλαμψεν, ήθλησεν υπέρ της Εκκλησίας πάνυ καλώς αδάμαντος στερεώτερος ώφθη προς την μετάθεσιν…νυν γυμνή τη ψυχή της μακαριότητος εμφορείται ήν επέγνω καλώς και λαβείν εντεύθεν εσπούδασε την εν Χριστώ κεκρυμμένην ζήσας ζωήν και σύνεστι τοις ιεροίς διδασκάλοις της πίστεως, πάντων είνεκα δίκαιος ών εκείνοις συντάττεσθαι».
Αμέσως μετά την κοίμηση του ο Μάρκος τιμήθηκε ως άγιος και ομολογητής. Αυτό μαρτυρεί με πόνο και ο σύγχρονος και άσπονδος εχθρός του Ιωσήφ, ουνίτης επίσκοπος Μεθώνης, λέγων, «ώσπερ πολλούς μεν και άλλους, και τον καλούμενον Παλαμάν, και τον Εφέσου Μάρκον, ανθρώπους ούτ’ άλλως φρενήρεις, αλλά και δοξοσοφίας εμπεπλησμένους, μηδεμίαν αρετήν ή αγιωσύνην εν εαυτοίς έχοντας, μόνον δια το λέγειν και συγγράφειν κατά Λατίνων, δοξάζετε και υμνείτε, και εικόνας εγκοσμείτε αυτοίς και πανηγυρίζοντες, στέργετε αυτούς ως αγίους και προσκυνείτε» ( PG 159, 1357).
Την πρώτη ακολουθία προς τιμήν του Αγίου Μάρκου συνέθεσε ο αδελφός του, Ιωάννης ο φιλόσοφος. Κατ’ αρχάς η μνήμη του εορταζόταν στις 23 Ιουνίου αλλά ο Πατριάρχης Γεννάδιος Σχολάριος, το 1456 μ.Χ., όρισε διά συνοδικής πράξεως, να εορτάζεται η μνήμη του στις 19 Ιανουαρίου, ημέρα προφανώς της ανακομιδής του λειψάνου του αγίου και ταφής αυτού στην μονή του Λαζάρου στον Γαλατά.
Οι αγώνες του Μάρκου και του μαθητού του Γενναδίου αναγνωρίστηκαν από την μεγάλη σύνοδο της Κωνσταντινουπόλεως που τελείωσε το 1484 μ.Χ. και κατέγραψε τα ονόματα τους, ως πατέρων αγίων, στο Συνοδικό της Ορθοδοξίας.