Οι Άγιοι Ραφαήλ, Νικόλαος και Ειρήνη συγκαταλέγονται στη χορεία των Νεοφανών Αγίων και μάλιστα εκείνων που μαρτύρησαν σχεδόν αμέσως μετά την άλωση της Κωνσταντινουπόλεως. Σχετικά με τον βίο τους γνωρίζουμε λίγα πράγματα.
Οι πρώτες πληροφορίες για την ύπαρξη των Αγίων ιστορούνται με θαυματουργικό και αποκαλυπτικό τρόπο από το έτος 1959 μ.Χ. Από μία ανασκαφή που έγινε στη Θερμή της Λέσβου, ανακαλύφθηκε ο τάφος ενός αγνώστου προσώπου, που όπως αποκαλύφθηκε σε συνεχή οράματα, ανήκε στον Άγιο Ιερομάρτυρα Ραφαήλ, ο οποίος μαρτύρησε μαζί με τον Άγιο Οσιομάρτυρα Νικόλαο και την Αγία Ειρήνη. Ο τάφος και το λείψανο του Αγίου Νικολάου ανακαλύφθηκε στις 13 Ιουνίου 1960 μ.Χ.
Ο Άγιος Ραφαήλ καταγόταν από τους Μύλους της Ιθάκης και γεννήθηκε το έτος 1410 μ.Χ. Το κοσμικό του όνομα ήταν Γεώργιος Λάσκαρης ή Λασκαρίδης και ο πατέρας του ονομαζόταν Διονύσιος. Πριν γίνει κληρικός είχε σταδιοδρομήσει στο βυζαντινό στρατό και έφθασε μάλιστα σε μεγάλο βαθμό.
Σε ηλικία τριάντα πέντε ετών γνώρισε ένα ασκητικό και σεβάσμιο γέροντα, τον Ιωάννη, ο οποίος τον προσείλκυσε στην εν Χριστώ ζωή. Κάποια Χριστούγεννα ο γέροντας κατέβηκε από τον τόπο της ασκήσεώς του, για να εξομολογήσει και να κοινωνήσει τους στρατιώτες και κήρυξε τον λόγο του Θεού. Τότε ο αξιωματικός Γεώργιος, όταν ο γέροντας κατέβηκε πάλι τα Θεοφάνεια, αποχαιρέτισε τους στρατιώτες και τον ακολούθησε.
Μετά την κουρά του σε μοναχό, χειροτονήθηκε πρεσβύτερος, αλλά τιμήθηκε και με το οφίκιο του αρχιμανδρίτη και του πρωτοσύγκελου. Μαζί δε με τις άλλες αποκαλύψεις, ο Άγιος Ραφαήλ αποκάλυψε ότι απεστάλη από τον Οικουμενικό Πατριάρχη στην Εσπερία, στην πόλη της Γαλλίας που ονομάζεται Μορλαί, για να εκπληρώσει την εντολή που του ανατέθηκε. Το γεγονός αυτό έλαβε χώρα λίγο πριν από την άλωση της Κωνσταντινουπόλεως. Ακόμη απεκάλυψε ότι κήρυξε τον λόγο του Ευαγγελίου στην Αθήνα, στο λόφο που είναι το μνημείο του Φιλοπάππου.
Λίγα χρόνια πριν από την άλωση της Κωνσταντινουπόλεως, περί το έτος 1450 μ.Χ., ο Άγιος βρέθηκε μετά από περιπλανήσεις στην περιοχή της Μακεδονίας και μόναζε εκεί.
Κοντά στον Άγιο Ραφαήλ βρισκόταν εκείνο το διάστημα ο Άγιος Νικόλαος ως υποτακτικός. Ο Νικόλαος εκάρη μοναχός και στη συνέχεια χειροτονήθηκε διάκονος. Θεωρείται Θεσσαλονικεύς στην καταγωγή, αν και αναφέρεται ότι γεννήθηκε στους Ράγους της Μηδίας της Μικράς Ασίας. Ωστόσο μεγάλωσε και ανδρώθηκε στη Θεσσαλονίκη.
Μόλις έπεσε η Κωνσταντινούπολη στα χέρια των Τούρκων, οι οποίοι εισέβαλαν ορμητικά στη Θράκη και καταλύθηκε οριστικά η βυζαντινή αυτοκρατορία, ο φόβος για γενικούς διωγμούς κατά των Χριστιανών στάθηκε ως αφορμή να καταφύγει ο Άγιος Ραφαήλ με την συνοδεία του από το λιμάνι της Αλεξανδρουπόλεως, στη Μυτιλήνη. Εκεί εγκαταστάθηκε μαζί με άλλους μοναχούς στην παλαιά μονή του Γενεσίου της Θεοτόκου, η οποία στο παρελθόν ήταν γυναικεία και ήταν χτισμένη στο λόφο Καρυές, κοντά στο χωριό Θέρμη. Ηγούμενος της μονής εξελέγη στην συνέχεια ο Άγιος Ραφαήλ.
Έπειτα από μερικά χρόνια, το έτος 1463 μ.Χ., η Λέσβος έπεσε στα χέρια των Τούρκων, οι οποίοι σε μια επιδρομή τους στο μοναστήρι, συνέλαβαν τον Άγιο Ραφαήλ και τον Άγιο Νικόλαο, τη Μεγάλη Πέμπτη του ιδίου έτους. Ακολούθησαν σκληρά και ανηλεή βασανιστήρια και ο Άγιος Ραφαήλ μαρτύρησε διά σφαγής με πολύ σκληρό τρόπο. Τον έσυραν βιαίως τραβώντας τον από τα μαλλιά και την γενειάδα, τον κρέμασαν από ένα δένδρο, τον χτύπησαν βάναυσα, τον τρύπησαν με τα πολεμικά τους όργανα, αφού προηγουμένως τα πυράκτωσαν σε δυνατή φωτιά και τελικά τον έσφαξαν πριονίζοντάς τον από το στόμα.
Σε μερικές εμφανίσεις του ο Άγιος Ραφαήλ φαίνεται να συνοδεύεται από πολλούς, δορυφορούμενους τρόπον τινά, οι οποίοι διάνυσαν πριν από αυτόν τον ασκητικό βίο στη μονή των Καρυών, όπως είπε σε εκείνους που τα έβλεπαν αυτά. Αποκάλυψε επίσης, ότι η μονή αυτή, η οποία είναι γυναικεία, υπέστη επιδρομή από τους αιμοχαρείς πειρατές κατά το έτος 1235 μ.Χ. Κατά την επιδρομή εκείνη αγωνίσθηκε μαζί με τις άλλες μοναχές τον υπέρ του Χριστού καλό αγώνα η καταγόμενη από την Πελοπόννησο ηγουμένη Ολυμπία και η αδελφή της Ευφροσύνη. Η Ολυμπία τελειώθηκε αθλητικώς στις 11 Μαΐου του έτους 1235 μ.Χ., εμφανίσθηκε δε μαζί με τον μεγάλο και θαυματουργό Άγιο Ραφαήλ.
Ο Άγιος Νικόλαος πέθανε μετά από βασανισμούς, από ανακοπή καρδιάς, δεμένος σε ένα δένδρο.
Μαζί με τους Αγίους συνάθλησε και η μόλις δώδεκα χρονών νεάνιδα Ειρήνη, θυγατέρα του Βασιλείου, προεστού της Θέρμης, η οποία και εμφανίζεται μαζί τους. Αυτή μαρτύρησε ως εξής: Οι ασεβείς αλλόθρησκοι της απέκοψαν το ένα χέρι και ακολούθως την έβαλαν σε ένα πιθάρι και κατέκαυσαν την αγνή αυτή παρθένο, υπό τα βλέμματα των δύστυχων γονέων της, οι οποίοι και θρηνούσαν γοερά για τον φρικτό θάνατο του παιδιού τους.
Με τους Αγίους συνεμαρτύρησαν ο μνημονευθείς πατέρας της Αγίας Ειρήνης, Βασίλειος, η σύζυγός του Μαρία, το μόλις πέντε ετών παιδί τους Ραφαήλ, η ανεψιά τους Ελένη, ο δάσκαλος Θεόδωρος και ο ιατρός Αλέξανδρος, των οποίων τα οστά βρέθηκαν κοντά στους τάφους των Αγίων, μέσα σε ξεχωριστούς τάφους. Το μαρτύριό τους συνέβη την Τρίτη της Διακαινησίμου, στις 9 Απριλίου του έτους 1463 μ.Χ.
Έπειτα από θαυματουργικές υποδείξεις των Αγίων Ραφαήλ, Νικολάου και Ειρήνης, έγινε γνωστή η ύπαρξη των λειψάνων τους και υποδείχθηκαν τα σημεία όπου βρίσκονταν οι τάφοι τους.