Η νέα εκκλησία του Ταξιάρχη βρίσκεται εκεί όπου ήταν κτισμένος ο κεντρικός πύργος του χωριού-κάστρου. Ο πύργος αυτός εγκαταλείφθηκε όταν έφυγαν οι Γενουάτες μετά την τουρκική κατάληψη (1566) και έτσι οι χωριανοί αποφάσισαν να τον κατεδαφίσουν και να χτίσουν μία εκκλησία. Η ανέγερση του Ναού ξεκίνησε το 1850 και ολοκληρώθηκε το 1861. Ο Ιερός Ναός Παμμεγίστων Ταξιαρχών Μεστών είναι τρίκλιτος, ρυθμού βασιλικής, θολωτός και τρισυπόστατος με θόλο πάνω από το ιερό.
Το κεντρικό κλίτος είναι αφιερωμένο στους Ταξιάρχες, το αριστερό στον Άγιο Χαράλαμπο και το δεξιό στους Αγίους Αποστόλους. Οι κολόνες που υποστηρίζουν το ναό είναι μονολιθικοί ύψους 8 μέτρων, αλλά δυστυχώς έχουν καλυφθεί με ασβέστη και βαφή λόγω των πιο πρόσφατων επισκευών. Το τέμπλο του ναού αρχικά ήταν φτιαγμένο από ξύλο, αλλά το 1895 αντικαταστάθηκε λόγω φθορών από χτιστό με επικάλυψη πορσελάνης και πηλού. Οι δύο εικόνες των Ταξιαρχών που κοσμούν το τέμπλο είναι μέρος του τέμπλου του «Παλαιού Ταξιάρχη». Πολλά αφιερώματα από πιστούς είναι αξιοσημείωτα και συμπληρώνουν τον διάκοσμο της εκκλησίας.
Εξωτερικά της εκκλησίας υπάρχει σκάλα διπλής κατεύθυνσης, η κορυφή της οποίας φτάνει στο καμπαναριό. Το μεγάλο καμπαναριό είναι πολύ πρόσφατα κτισμένο. Τόσο η σκάλα όσο και το καμπαναριό είναι κατασκευασμένα από Θυμιανούσικη πέτρα. Στην αυλή της εκκλησίας υπάρχουν σχέδια από μαύρα και άσπρα βότσαλα, τα «βοτσαλωτά» όπως ονομάζονται στη Χίο, χαρακτηριστικά της χιώτικης τέχνης. Ως μνημειώδες έργο θαυμαστό από τότε που κατασκευάστηκε, προκάλεσε την φαντασία των χωριανών στη δημιουργία πολλών ιστοριών, μερικές από τις οποίες είναι πραγματικές.
Οι Μεστούσοι μιλούν συχνά για το θαύμα των Ταξιαρχών. Σύμφωνα με την παράδοση, όταν έφυγαν οι Γενουάτες από τα Μεστά, οι χωριανοί προσπαθούσαν δύο χρόνια με τόνους πυρίτιδας να γκρεμίσουν τον Πύργο αλλά ένα κομμάτι από την αριστερή πλευρά δεν έπεφτε. Τότε βάλανε παραπάνω πυρίτιδα με αποτέλεσμα οι πέτρες να καταπλακώσουν έναν εργάτη. Μία βδομάδα σκάβανε για να τον βρουν και παρακαλούσαν τους Ταξιάρχες να βγει ζωντανός. Πράγματι μετά από μία βδομάδα τον βρήκαν σώο και αβλαβή.
Όταν τον ρώτησαν πως σώθηκε, τους είπε ότι τον προστάτευσε ένας ρωμαλαίος νέος που κράταγε τις πέτρες για να μην πέσουν πάνω του. Αυτός ήταν ο Αρχάγγελος Μιχαήλ. Έτσι οι Μεστούσοι ξεκίνησαν να κτίζουν προς τιμή του το μεγαλοπρεπή αυτό Ναό και τον αφιέρωσαν στους Ταξιάρχες.